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摩羯的心

铁虫 (小有名气)

[求助] 请问谁做过dcaps啊 已有1人参与

各位同仁,有谁做过dcaps吗?请问引物怎么设计,还有限制性内切酶怎么确定?用过dCAPS Finder 2.0这个软件吗?结果怎么看啊
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
摩羯的心(kx444555代发): 金币+3, 鼓励交流 2014-01-07 08:48:35
我们都是在线分析的网址http://helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html
你试试看,内切酶选择主要是价格便宜并且在PCR buffer里直接能工作的最好。
hehe
2楼2014-01-06 15:42:28
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摩羯的心

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-01-06 15:42:28
我们都是在线分析的网址http://helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html
你试试看,内切酶选择主要是价格便宜并且在PCR buffer里直接能工作的最好。

我用你说的这个在线软件分析过,但我不明白结果怎么看,能帮我分析一下吗?我附上结果的一部分  麻烦咯
请问谁做过dcaps啊
无标题.png

3楼2014-01-07 08:53:50
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励交流! 2014-01-07 10:21:37
摩羯的心: 金币+7, ★★★很有帮助 2014-01-07 11:28:32
你提供的这网站上中前三个引物都是在wild type上能够被酶切开的。拿GsuI来说引物上突变TATG-TcTG与野生型序列中GAG复制时形成酶切位点,而突变序列中形不成。选择哪一酶切位点也与你实验室常用的酶相关,我们实验室用的NEB的酶,查了一下GsuI在NEB目录里没有,Hpy178III在NEB目录名为Hpy188III在普通的PCR buffer工作效率<+表明需要纯化PCR产物在该酶buffer里做酶切。而TaqI在普通PCR buffer中效率+++表明适用,若你的标记不大建议用TaqI价格合理,效率高。
hehe
4楼2014-01-07 09:25:10
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摩羯的心

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-01-07 09:25:10
你提供的这网站上中前三个引物都是在wild type上能够被酶切开的。拿GsuI来说引物上突变TATG-TcTG与野生型序列中GAG复制时形成酶切位点,而突变序列中形不成。选择哪一酶切位点也与你实验室常用的酶相关,我们实验室 ...

非常感谢,能再问一下你们实验室,引物中引入错配碱基,做PCR的时候用的聚合酶是什么啊?用该是保真性不太好,不具有3’-5‘外切酶活性的吧?能推荐一下吗   谢啦
5楼2014-01-07 11:29:50
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 摩羯的心 at 2014-01-07 11:29:50
非常感谢,能再问一下你们实验室,引物中引入错配碱基,做PCR的时候用的聚合酶是什么啊?用该是保真性不太好,不具有3’-5‘外切酶活性的吧?能推荐一下吗   谢啦...

我们实验室用的Taq是自己提的,商业化普通的就行。
hehe
6楼2014-01-07 15:41:34
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摩羯的心

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-01-07 15:41:34
我们实验室用的Taq是自己提的,商业化普通的就行。...

谢谢
7楼2014-01-07 17:43:09
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一直很安静10

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-01-06 15:42:28
我们都是在线分析的网址http://helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html
你试试看,内切酶选择主要是价格便宜并且在PCR buffer里直接能工作的最好。

http://muchong.com/bbs/url.php?s=aHR0cDovL2hlbGl4Lnd1c3RsLmVkdS9kY2Fwcy9kY2Fwcy5odG1s&_s=70a617c33d105a7c#opennewwindow这个网址登不上了,以前有这种情况么
8楼2017-12-15 16:31:00
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硕硕爱读书

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 摩羯的心 at 2014-01-07 08:53:50
我用你说的这个在线软件分析过,但我不明白结果怎么看,能帮我分析一下吗?我附上结果的一部分  麻烦咯

无标题.png
...

网站怎么登不上去呢?
9楼2018-01-04 14:07:58
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硕硕爱读书

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-01-06 15:42:28
我们都是在线分析的网址http://helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html
你试试看,内切酶选择主要是价格便宜并且在PCR buffer里直接能工作的最好。

你好,我想问一下,这个网站为什么打不开呢?
10楼2018-01-04 14:11:10
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