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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 请问谁做过dcaps啊
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摩羯的心

铁虫 (小有名气)

[求助] 请问谁做过dcaps啊 已有1人参与

各位同仁，有谁做过dcaps吗？请问引物怎么设计，还有限制性内切酶怎么确定？用过dCAPS Finder 2.0这个软件吗？结果怎么看啊
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1楼 2014-01-06 15:16:13
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摩羯的心

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-01-06 15:42:28
我们都是在线分析的网址http://helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html
你试试看，内切酶选择主要是价格便宜并且在PCR buffer里直接能工作的最好。

我用你说的这个在线软件分析过，但我不明白结果怎么看，能帮我分析一下吗？我附上结果的一部分  麻烦咯
请问谁做过dcaps啊
无标题.png
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3楼2014-01-07 08:53:50
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
摩羯的心(kx444555代发): 金币+3, 鼓励交流 2014-01-07 08:48:35
我们都是在线分析的网址http://helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html
你试试看，内切酶选择主要是价格便宜并且在PCR buffer里直接能工作的最好。
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hehe
2楼2014-01-06 15:42:28
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-01-07 10:21:37
摩羯的心: 金币+7, ★★★很有帮助 2014-01-07 11:28:32
你提供的这网站上中前三个引物都是在wild type上能够被酶切开的。拿GsuI来说引物上突变TATG-TcTG与野生型序列中GAG复制时形成酶切位点，而突变序列中形不成。选择哪一酶切位点也与你实验室常用的酶相关，我们实验室用的NEB的酶，查了一下GsuI在NEB目录里没有，Hpy178III在NEB目录名为Hpy188III在普通的PCR buffer工作效率<+表明需要纯化PCR产物在该酶buffer里做酶切。而TaqI在普通PCR buffer中效率+++表明适用，若你的标记不大建议用TaqI价格合理，效率高。
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hehe
4楼2014-01-07 09:25:10
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摩羯的心

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-01-07 09:25:10
你提供的这网站上中前三个引物都是在wild type上能够被酶切开的。拿GsuI来说引物上突变TATG-TcTG与野生型序列中GAG复制时形成酶切位点，而突变序列中形不成。选择哪一酶切位点也与你实验室常用的酶相关，我们实验室 ...

非常感谢，能再问一下你们实验室，引物中引入错配碱基，做PCR的时候用的聚合酶是什么啊？用该是保真性不太好，不具有3’-5‘外切酶活性的吧？能推荐一下吗   谢啦
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5楼2014-01-07 11:29:50
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