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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 自己画质粒图，启动子的方向弄不明白
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lingbi

银虫 (正式写手)

[求助] 自己画质粒图，启动子的方向弄不明白已有1人参与

正在学习质粒制图软件，有两个问题。
1、常见质粒图PET28a NCBI上查不到空质粒信息，都是改造后的，这样就不能直接导入软件了，有没有其他方式获得背景信息（可以直接导入软件的）

2、我目前有PET28a 的序列，以及一些启动子、终止子的位置信息，可是从中看不懂它的方向性？T7 promoter 370-386 是顺时针的意思吗？麻烦哪位高手给指指。

3、PET28a 怎么两个复制子？（f1   PBR322)分别什么时候用？

pET-28a(+) sequence landmarks
T7 promoter 370-386
T7 transcription start 369
His•Tag coding sequence 270-287
T7•Tag coding sequence 207-239
Multiple cloning sites
(BamH I - XhoI) 158-203
His•Tag coding sequence 140-157
T7 terminator 26-72
lacIcoding sequence 773-1852
pBR322 origin 3286
Kan coding sequence 3995-4807
f1 origin 4903-5358
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1楼2013-12-29 11:41:35
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2013-12-29 17:23:33
lingbi: 金币+2, ★有帮助 2013-12-30 22:08:28
卖质粒的公司网站上有质粒图谱，自己查询。
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2楼2013-12-29 12:34:51
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lingbi

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-12-29 12:34:51
卖质粒的公司网站上有质粒图谱，自己查询。

知道要查的。你的说法是，我下载了序列，然后看公司网站上的图片位点标记的方向照着画是吗？

有更简单的办法吗？
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3楼2013-12-30 14:51:09
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lingbi at 2013-12-30 14:51:09
知道要查的。你的说法是，我下载了序列，然后看公司网站上的图片位点标记的方向照着画是吗？

有更简单的办法吗？...

不知道你用什么软件画，一般的软件都有输入序列，标记各个元件的功能吧。我在用VECTOR NTI，我觉得是比较好用的软件。
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4楼2013-12-30 17:51:43
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lingbi

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-12-30 17:51:43
不知道你用什么软件画，一般的软件都有输入序列，标记各个元件的功能吧。我在用VECTOR NTI，我觉得是比较好用的软件。...

我本来也有的，这个软件好用，可是头几天突然打不开了，而且也重装不上了！！郁闷，刚学习了GCK软件，发现导入之后就是一个圆环，所有的东东都要自己画上去，不知道是我用复杂了，还是怎么的。还有什么方便的软件吗？
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5楼2013-12-30 22:07:54
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lingbi

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-12-30 17:51:43
不知道你用什么软件画，一般的软件都有输入序列，标记各个元件的功能吧。我在用VECTOR NTI，我觉得是比较好用的软件。...

麻烦请教下，PET28a 上两个复制子f1origin   PBR322origin复制的时候用哪一个？f1是噬菌体的吧，DNA为单链，PET28a是双链吧？
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6楼2013-12-30 22:31:16
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
lingbi: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-12-31 09:59:25
引用回帖:
6楼: Originally posted by lingbi at 2013-12-30 22:31:16
麻烦请教下，PET28a 上两个复制子f1origin   PBR322origin复制的时候用哪一个？f1是噬菌体的吧，DNA为单链，PET28a是双链吧？...

有f1 origin说明可以在噬菌体协助下完成单链复制。在细菌里是以pBR322 origin作用下的双链复制。用vector以后其它软件很少用了。据你说的情况，应该是根据质粒信息自己添加元件的。
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7楼2013-12-31 01:20:26
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lingbi

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-12-31 01:20:26
有f1 origin说明可以在噬菌体协助下完成单链复制。在细菌里是以pBR322 origin作用下的双链复制。用vector以后其它软件很少用了。据你说的情况，应该是根据质粒信息自己添加元件的。...

多谢，明白了
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8楼2013-12-31 09:59:17
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