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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 如何查询拟南芥中一个已知功能基因在其它种中的已鉴定的同类基因
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sunlifang

木虫 (正式写手)

[求助] 如何查询拟南芥中一个已知功能基因在其它种中的已鉴定的同类基因 已有4人参与

如何查询拟南芥中一个已知功能基因在其它种中（植物）的已鉴定的同类基因，已经证明和定性的，非预测的同源基因或编码同源蛋白的基因，谢谢！
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1楼 2013-12-20 11:21:45
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lidonghong

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-12-20 15:27:04
可以将你的这种已知功能的基因的序列输入到NCBI中BLAST，找出数据库中其他物种和该已知基因序列同源的序列，然后你在分别查看排名前几位的基因，是不是你想要的。。。
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生物化学与分子生物学
2楼2013-12-20 11:50:44
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sunlifang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lidonghong at 2013-12-20 11:50:44
可以将你的这种已知功能的基因的序列输入到NCBI中BLAST，找出数据库中其他物种和该已知基因序列同源的序列，然后你在分别查看排名前几位的基因，是不是你想要的。。。

谢谢，这个我也试过，比出来的也是好多同源性高但未鉴定功能的基因
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3楼2013-12-20 12:35:03
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starseacow

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
也可以试试这个网站
http://www.phytozome.net/
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植物生理群69993869，为避免广告，申请加入请提供木虫昵称，院校及专业信息
4楼2013-12-20 19:19:58
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wangdunzju

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也喜欢用http://www.phytozome.net/这个网站，很好用。
输入序列，比对，产生的分值最高的那几个基因，点开，看有没有相同的结构域注释，没有的话应该不是，有的话，是的可能性就很大了。
祝你好运！
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5楼2014-02-21 09:41:08
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wangdunzju

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你要是想找已经确定功能的，，也可以用关键词搜索，因为已经确定功能的基因都注释的比较详细，用关键词搜索可以避开那些没有确定功能的同源基因（它们没有注释）。
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6楼2014-02-21 09:43:48
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xuting311

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by wangdunzju at 2014-02-21 09:41:08
我也喜欢用http://www.phytozome.net/这个网站，很好用。
输入序列，比对，产生的分值最高的那几个基因，点开，看有没有相同的结构域注释，没有的话应该不是，有的话，是的可能性就很大了。
祝你好运！

产生的分值高的 target view 选择最长的还是第一个呢？图片里有具体的，谢谢啦
如何查询拟南芥中一个已知功能基因在其它种中的已鉴定的同类基因
112.jpg


如何查询拟南芥中一个已知功能基因在其它种中的已鉴定的同类基因-1
113.jpg
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7楼2015-07-14 15:00:49
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