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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 分子优化总是出错，请大家帮忙
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chenhua_jsu

铜虫 (小有名气)

[求助] 分子优化总是出错，请大家帮忙 已有6人参与

Entering Gaussian System, Link 0=g09
Input=1.gjf
Output=1.log
Initial command:
/public/software/g09/l1.exe /tmp/g09/Gau-5815.inp -scrdir=/tmp/g09/
Entering Link 1 = /public/software/g09/l1.exe PID=      5816.
  
Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009,2010,
            Gaussian, Inc.  All Rights Reserved.
  
This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.
  
This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
  
This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.
  
The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:
  
                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND
  
Use, reproduction and disclosure by the US Government is
subject to restrictions as set forth in subparagraphs (a)
and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.
  
Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492
  
  
---------------------------------------------------------------
Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------
  

Cite this work as:
Gaussian 09, Revision B.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,
K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. Keith, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2010.

******************************************
Gaussian 09:  AM64L-G09RevB.01 12-Aug-2010
                18-Dec-2013
******************************************
%chk=1.chk
-----------------------------------------------------------------
# opt b3lyp/6-31+g(d) scrf=(cpcm,solvent=water) geom=connectivity
-----------------------------------------------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=3,38=1,57=2/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,7=11,11=2,16=1,25=1,30=1,70=2101,71=1,72=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5,53=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(2);
2/9=110/2;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=1,6=6,7=11,11=2,16=1,25=1,30=1,70=2105,71=1,72=1,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,38=5,53=1/2;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
----------------------------
Untitled ACS Document 1996-1
----------------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  1 Multiplicity = 1
C                    -8.91163   1.5971   -1.69574
C                    -9.40885   0.34374  -1.46622
C                    -8.44269  -0.85429  -1.35001
C                    -7.12941  -0.59821  -1.47883
C                    -6.57549   0.73426  -1.8067
C                    -7.38863   1.8114   -1.88393
N                    -6.02034  -1.45895  -1.32285
C                    -4.91821  -0.77638  -1.50064
C                    -5.02835   0.73059  -2.0396
C                    -3.55563  -1.43439  -1.18251
C                    -2.38129  -0.75139  -1.2608
C                    -1.08422  -1.49974  -0.87365
C                    -6.09599  -2.89021  -0.98512
C                    -1.2008   -2.99865  -0.51246
C                     0.10758  -3.73092  -0.86339
C                     1.23785  -3.1374   -0.01647
C                     1.36082  -1.64274  -0.32054
C                     0.12839  -0.86811  -0.84807
C                     2.53829  -1.02716  -0.0998
C                     3.75017  -1.84913   0.38078
C                     4.19624  -2.42503   1.52667
N                     5.47801  -3.10532   1.55288
C                     5.80914  -2.93246   2.91128
C                     4.73436  -2.58751   3.61367
C                     7.19742  -3.08746   3.53924
C                     7.32792  -2.89182   4.87423
C                     6.08918  -2.51618   5.72136
C                     4.87064  -2.36976   5.13087
C                     6.47318  -2.54129   0.62985
C                     2.61882   0.48193  -0.30283
C                     1.38856   1.21442  -0.86394
O                     0.22924   0.49042  -1.32226
C                     3.74482   1.16963   0.01174
C                     3.76893   2.70173  -0.13077
C                     2.66694   3.35501  -0.56818
C                     1.39704   2.56616  -0.94708
C                     2.55617  -1.25688   2.2227
O                     2.68476   4.7784   -0.68002
H                    -9.57793   2.43264  -1.74906
H                    -10.46349   0.19356  -1.36295
H                    -8.80212  -1.84651  -1.17065
H                    -6.99137   2.78743  -2.07568
H                    -3.5347   -2.46264  -0.88467
H                    -2.35894   0.27408  -1.57021
H                    -5.26594  -3.40432  -1.42286
H                    -1.3898   -3.10224   0.53315
H                    -2.00897  -3.42533  -1.0673
H                     0.00726  -4.77351  -0.64675
H                     0.32425  -3.60562  -1.90374
H                     1.0066   -3.26951   1.01924
H                     2.15991  -3.6301   -0.24173
H                     4.43657  -2.02088  -0.42096
H                     8.04252  -3.34749   2.93953
H                     8.28393  -2.99859   5.34178
H                     6.19134  -2.37052   6.77645
H                     4.01573  -2.10561   5.71696
H                     6.61394  -1.50341   0.8487
H                     4.61299   0.65005   0.36399
H                     4.65608   3.25142   0.11499
H                     0.52248   3.08542  -1.28402
H                     1.86823  -0.85667   2.93575
H                     2.01784  -1.6315    1.37831
H                     3.22809  -0.48703   1.90446
H                     3.57631   5.06727  -0.88347
C                     7.8112   -3.28582   0.79405
H                     8.55362  -2.60837   1.16117
H                     7.68857  -4.09088   1.48813
H                     6.12674  -2.64923  -0.37674
C                     3.35437  -2.40332   2.86661
C                     2.50126  -3.68181   2.96296
H                     3.03103  -4.4226    3.52463
H                     1.57633  -3.4574    3.45189
H                     2.30368  -4.05372   1.97933
H                     8.12109  -3.67552  -0.15305
H                    -7.00908  -3.29857  -1.36513
C                    -6.05558  -3.05942   0.54502
H                    -5.17287  -2.59474   0.93206
H                    -6.91957  -2.59978   0.97763
H                    -6.04622  -4.1013    0.78852
C                    -4.29173   1.73723  -1.13646
C                    -4.65386   0.85539  -3.52815
H                    -3.35391   1.99617  -1.5818
H                    -4.88836   2.61827  -1.02367
H                    -4.12113   1.29669  -0.1764
H                    -3.7197    0.36391  -3.70333
H                    -5.41455   0.3994   -4.12675
H                    -4.56713   1.88957  -3.78862

End of file reading connectivity.
Error termination via Lnk1e in /public/software/g09/l101.exe at Wed Dec 18 20:32:25 2013.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=   
有机分子，分子结构有点大，我是新手，不懂，最开始以为是我最开始的分子结构画的有问题，仔细检查，没有问题，但是一直出错
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1楼 2013-12-18 22:22:17
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chenhua_jsu: 金币+10, ★有帮助 2013-12-18 23:26:18
去掉命令里的 geom=connectivity
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2楼2013-12-18 22:46:16
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chenhua_jsu

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jerkwin at 2013-12-18 22:46:16
去掉命令里的 geom=connectivity

去掉还是有，默认的
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3楼2013-12-18 23:26:09
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fish.yfyh

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我这里可以运行,
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Initialization pass.
                           ----------------------------
                           !    Initial Parameters    !
                           ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                            --------------------------
! Name  Definition              Value          Derivative Info.                !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1    R(1,2)                  1.3678         estimate D2E/DX2                !
! R2    R(1,6)                  1.5495         estimate D2E/DX2                !
! R3    R(1,39)                 1.07           estimate D2E/DX2                !
! R4    R(2,3)                  1.5435         estimate D2E/DX2                !
! R5    R(2,40)                 1.0703         estimate D2E/DX2                !
! R6    R(3,4)                  1.3442         estimate D2E/DX2                !
! R7    R(3,41)                 1.0704         estimate D2E/DX2                !
.....

不过, 提示内存太小.
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4楼2013-12-18 23:33:57
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+3 2013-12-19 08:31:51
chenhua_jsu: 金币+10, ★有帮助 2013-12-19 08:56:32
你用%mem和%nproc指定一下内存和并行CPU数试试看，默认内存是256MB，对于你这个结构可能偏小，默认CPU是1个，算你这个体系比较耗时。另外去scratch里检查一下route文件里有没有写东西，没有的话可以加入-p-，-m-等指定CPU和内存大小，这样以后除非你在输入文件里指定了，不然就直接调用route里的了，比较方便。当然前提是你的电脑配置达到你指定的要求。
关于geom=connectivity，如果你的分子是GV画的，可以不用去掉。
另外求64位高斯。。。
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5楼2013-12-19 06:53:51
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chenhua_jsu

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2013-12-19 06:53:51
你用%mem和%nproc指定一下内存和并行CPU数试试看，默认内存是256MB，对于你这个结构可能偏小，默认CPU是1个，算你这个体系比较耗时。另外去scratch里检查一下route文件里有没有写东西，没有的话可以加入-p-，-m-等指 ...

geom=connectivity,这个没有影响吗，我的都是一进去就死了，不是比较耗时的问题，大概0.6秒就死了。
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6楼2013-12-19 08:56:16
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chenhua_jsu: 金币+50, ★有帮助 2013-12-25 09:12:16
引用回帖:
6楼: Originally posted by chenhua_jsu at 2013-12-19 08:56:16
geom=connectivity,这个没有影响吗，我的都是一进去就死了，不是比较耗时的问题，大概0.6秒就死了。...

如果你的分子是GV画的，默认是带geom=connectivity，你可以打开gjf文件看下，如果在分子坐标后面还有分子成键描述的，就不要去掉。没有的话需要去掉。
我指的比较耗时是在正常计算的情况下。
你一提交就停，问题可能出在输入文件里，但是一般这种情况报错信息里会给出的。但是你的这种情况并没有给出，那么我建议先掉大内存试试看。
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7楼2013-12-19 10:03:21
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changhui1986

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chenhua_jsu: 金币+20, ★有帮助 2013-12-25 09:11:41
在安装Gaussian软件时要将内存1G的改成64MW，2G的改为128mw,Maxdisk改为6GB，这样gaussian就不易中断。再个就是看看你的内存是否太低。
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逍遥任我行
8楼2013-12-19 12:22:20
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dreamyeye

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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chenhua_jsu: 金币+20, ★有帮助 2013-12-25 09:11:33
b把generate 面板里的write connectivity前面的对号去掉就没有 geom=connectivity了，如果有geom=connectivity，则文件的末尾必须有好几行数字来说明各原子之间的链接关系才行，要么都有，要么都没有。
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9楼2013-12-19 13:35:34
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fzliyang

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chenhua_jsu: 金币+20, ★有帮助 2013-12-25 09:11:26
chenhua_jsu: 金币+70, ★有帮助 2013-12-31 11:23:13
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10楼2013-12-19 15:51:45
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