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yangjingjing

木虫 (正式写手)

[求助] RetroQ质粒不同体系双酶切,怎么会出现不同的带?

上图左起Marker,RetroQ质粒,20u双l酶切体系(1ug质粒),20ul双酶切体系(1ug质粒),50ul双酶切体系(5ug)~~~条带的周围被我切的,不是传说中的杂带,
20ul体系是一孔直接上样,50ul体系的是分两孔上样的。为啥条带不在同一位置呢?
下图左起Marker,RetroQ质粒,20u双l酶切体系(1ug质粒),30ul双酶切体系(1ug质粒),50ul双酶切体系(1ug)(分两孔),50ul双酶切体系(3ug)(分两孔),50ul双酶切体系(5ug)(分两孔)~~~~切了5h
我用的酶切位点是BamH1和EcoR1(二者间隔5bp),TAKARA的酶。这个到底是啥子情况 啊?为啥位置还有差别呢?是没有酶切完全?
RetroQ质粒不同体系双酶切,怎么会出现不同的带?
20,50qie.JPG


RetroQ质粒不同体系双酶切,怎么会出现不同的带?-1
2013.12.7R,R20,R30,R50,R50-3,R50-5=5.JPG
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by yangjingjing at 2013-12-11 23:09:51
看来是我太贪心了~~可是有个奇怪的现象哈~我用的是生工的胶回收试剂盒,每次回收的酶切片段只有35ng/UL(30ul洗脱)左右的的浓度,今天都酶切四孔,4ug的,也是39ng/ul(40ul洗脱),这效率也太低了啊???...

胶回收的效率的影响因素比较多,回收率是比PCR回收试剂盒差一点,一般超过50%就可以了。做连接用不了很多,载体片段在50-100ng就够了,目的片段根据比例来,也是在这个数量级上的,你为什么要切那么多质粒?
6楼2013-12-12 02:24:07
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-12-11 09:58:40
yangjingjing: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-12-11 12:42:55
你的情况明显是因为酶切不完全或者基本没有切开。从你第一张图上的质粒对照条带位置基本与你50μl切5μg持平,说明没有切开。做酶切建立反应体系时质粒的浓度不宜过高,一般是20μl体系里切1μg质粒。如果体系建得太浓,质粒的体积占总体积的比例会增加。在抽提质粒的过程中往往会有一些盐难以除干净。有些酶对盐浓度是比较敏感的。而且质粒一般溶解在TE里,EDTA对酶切反应有抑制。用50μl里切5μg质粒有些多了,虽然多加酶或者延长时间也可以达到完全切开的效果。
2楼2013-12-11 09:24:04
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yangjingjing

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-12-11 09:24:04
你的情况明显是因为酶切不完全或者基本没有切开。从你第一张图上的质粒对照条带位置基本与你50μl切5μg持平,说明没有切开。做酶切建立反应体系时质粒的浓度不宜过高,一般是20μl体系里切1μg质粒。如果体系建得太 ...

那看这个情况,是20ul   1ug的是切开的了的?50ul是没有完全切开的?哎,被师兄忽悠了,我用的去核甘酸水溶的质粒~~~是试剂抽提的,不是试剂盒提的
努力打败一切
3楼2013-12-11 12:42:39
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yangjingjing at 2013-12-11 12:42:39
那看这个情况,是20ul   1ug的是切开的了的?50ul是没有完全切开的?哎,被师兄忽悠了,我用的去核甘酸水溶的质粒~~~是试剂抽提的,不是试剂盒提的...

如果你想在50μl里切5μg也是可以的,要多加些酶或者是延长时间。如果只是切载体片段的话,确定酶切完全后(用2μl跑电泳检测)可以不用切胶回收,直接用PCR回收试剂盒或者乙醇沉淀就可以了,所以反应体系的体积不是问题。
4楼2013-12-11 13:28:17
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