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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】ICSD导出cif中没有氢原子坐标
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南墙2014

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】ICSD导出cif中没有氢原子坐标

我的FINDIT是2009，其中导出一个文件中没有氢原子坐标，用MS打开也没有显示H。详细信息如下：
1.其中有两个氧原子坐标后面均标有H1，请问这是表示什么？
2.有没有别的途径得到最新的CIF文件
3.遇到这样情况下面计算应该怎么进行，大家有没有经验可以参考
金币不多，希望大家多多帮忙交流探讨。

Position of 8 Elements of H Are Undetermined.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF                   H              ITF(U)   
Bi   1  +3    4 e   0.53563(6)  0.15689(3)  0.40586(8)     1.         0               0
Bi   2  +3    4 e   0.18997(7)  0.13397(3)  0.71429(9)     1.         0               0
S    1  +6    4 e   0.8745(5)   0.1331(2)   0.0993(6)      1.           0                 0
O    1  -2    4 e   0.3898(11)  0.2317(6)   0.6500(15)     1.          0        0.011(1)
O    2  -2    4 e   0.3254(12)  0.0522(6)   0.4997(16)     1.        H1       0.012(2)
O    3  -2    4 e   0.3966(13)  0.0752(7)   0.0378(17)     1.         H1       0.015(2)
O    4  -2    4 e   0.7364(13)  0.2028(7)   0.1239(18)     1.         0        0.020(2)
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1楼 2013-12-03 17:32:14
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
ben_ladeng: 金币+1, 专家考核 2013-12-05 21:02:51
Position of 8 Elements of H Are Undetermined.
如果是类似于水合物的形式，考虑到水分子可能会有转动，H的位置基本不会非常固定。可以以给出的CIF为基础建模，然后根据CIF中指出的哪些O原子是与H结合形成水分子的，手动在附近添加H原子。然后通过Geo Opt来找到比较合适的H原子位置即可。
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22楼2013-12-03 23:42:33
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)
★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
因为实验上，H的位置不好测~
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16楼2013-12-03 19:07:37
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南墙2014

木虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by fzx2008 at 2013-12-03 19:07:37
因为实验上，H的位置不好测~

那最新的ICSD数据库有没有可能会更新有H的位置呢，如果一直找不到有H位置的晶胞是不是就不能计算了
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18楼2013-12-03 20:47:14
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
18楼: Originally posted by 南墙2014 at 2013-12-03 20:47:14
那最新的ICSD数据库有没有可能会更新有H的位置呢，如果一直找不到有H位置的晶胞是不是就不能计算了...

一般可能行也不大

要计算的话需要考虑手动加H，那就有多种构型考虑
记得Walsh有篇类似的文章，给JACS上的一个MOF结构手动加H计算的
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19楼2013-12-03 20:51:08
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南墙2014

木虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by fzx2008 at 2013-12-03 20:51:08
一般可能行也不大

要计算的话需要考虑手动加H，那就有多种构型考虑
记得Walsh有篇类似的文章，给JACS上的一个MOF结构手动加H计算的...

能不能提供一下具体的DIO号，或者文献名称具体一点的信息呀。如果我能找到就最好了，非常感谢
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20楼2013-12-03 22:51:51
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wendy3

金虫 (文坛精英)
★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
Best wishes
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25楼2013-12-04 00:20:20
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muchfan

木虫 (知名作家)
★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
Good luck
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26楼2013-12-04 00:20:28
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fakebook

木虫 (文坛精英)
★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
Best wishes
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32楼2013-12-04 04:20:14
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seeforme

新虫 (知名作家)
★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
Good luck
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33楼2013-12-04 04:22:25
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linxi5925

至尊木虫 (知名作家)
★
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祝福楼主
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34楼2013-12-04 04:55:31
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mzhyan

至尊木虫 (文坛精英)
★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
blessing
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35楼2013-12-04 08:02:27
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heibi

金虫 (文坛精英)
★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
深深祝福
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36楼2013-12-04 08:20:15
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南墙2014

木虫 (正式写手)
引用回帖:
22楼: Originally posted by souledge at 2013-12-03 23:42:33
Position of 8 Elements of H Are Undetermined.
如果是类似于水合物的形式，考虑到水分子可能会有转动，H的位置基本不会非常固定。可以以给出的CIF为基础建模，然后根据CIF中指出的哪些O原子是与H结合形成水分子的 ...

我按照方法，Geo Opt以后，O-H键长到了理论值，但是各个原子间成键的方式没有改变，看上去是不合理的。族群由P121/C1变为P1，rebu crystal以后变得十分紊乱。按照经验有没有解决的方式呢？
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43楼2013-12-04 16:22:58
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readytogo2楼
2013-12-03 18:04   回复  
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xianzhi20103楼
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wlxiao4楼
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