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南墙2014

木虫 (正式写手)


[交流] 【求助】ICSD导出cif中没有氢原子坐标

我的FINDIT是2009,其中导出一个文件中没有氢原子坐标,用MS打开也没有显示H。详细信息如下:
1.其中有两个氧原子坐标后面均标有H1,请问这是表示什么?
2.有没有别的途径得到最新的CIF文件
3.遇到这样情况下面计算应该怎么进行,大家有没有经验可以参考
金币不多,希望大家多多帮忙交流探讨。

Position of 8 Elements of H Are Undetermined.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF                   H              ITF(U)   
Bi   1  +3    4 e   0.53563(6)  0.15689(3)  0.40586(8)     1.         0               0
Bi   2  +3    4 e   0.18997(7)  0.13397(3)  0.71429(9)     1.         0               0
S    1  +6    4 e   0.8745(5)   0.1331(2)   0.0993(6)      1.           0                 0
O    1  -2    4 e   0.3898(11)  0.2317(6)   0.6500(15)     1.          0        0.011(1)
O    2  -2    4 e   0.3254(12)  0.0522(6)   0.4997(16)     1.        H1       0.012(2)
O    3  -2    4 e   0.3966(13)  0.0752(7)   0.0378(17)     1.         H1       0.015(2)
O    4  -2    4 e   0.7364(13)  0.2028(7)   0.1239(18)     1.         0        0.020(2)
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南墙2014

木虫 (正式写手)


引用回帖:
16楼: Originally posted by fzx2008 at 2013-12-03 19:07:37
因为实验上,H的位置不好测~

那最新的ICSD数据库有没有可能会更新有H的位置呢,如果一直找不到有H位置的晶胞是不是就不能计算了
18楼2013-12-03 20:47:14
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南墙2014

木虫 (正式写手)


引用回帖:
19楼: Originally posted by fzx2008 at 2013-12-03 20:51:08
一般可能行也不大

要计算的话需要考虑手动加H,那就有多种构型考虑
记得Walsh有篇类似的文章,给JACS上的一个MOF结构手动加H计算的...

能不能提供一下具体的DIO号,或者文献名称具体一点的信息呀。如果我能找到就最好了,非常感谢
20楼2013-12-03 22:51:51
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引用回帖:
22楼: Originally posted by souledge at 2013-12-03 23:42:33
Position of 8 Elements of H Are Undetermined.
如果是类似于水合物的形式,考虑到水分子可能会有转动,H的位置基本不会非常固定。可以以给出的CIF为基础建模,然后根据CIF中指出的哪些O原子是与H结合形成水分子的 ...

我按照方法,Geo Opt以后,O-H键长到了理论值,但是各个原子间成键的方式没有改变,看上去是不合理的。族群由P121/C1变为P1,rebu crystal以后变得十分紊乱。按照经验有没有解决的方式呢?
43楼2013-12-04 16:22:58
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