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南墙2014

木虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
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在线: 770.3小时
虫号: 2363468

[交流] 【求助】ICSD导出cif中没有氢原子坐标

我的FINDIT是2009，其中导出一个文件中没有氢原子坐标，用MS打开也没有显示H。详细信息如下：
1.其中有两个氧原子坐标后面均标有H1，请问这是表示什么？
2.有没有别的途径得到最新的CIF文件
3.遇到这样情况下面计算应该怎么进行，大家有没有经验可以参考
金币不多，希望大家多多帮忙交流探讨。

Position of 8 Elements of H Are Undetermined.
Atom  # OX SITE    x          y          z          SOF                H             ITF(U)
Bi 1  +3 4 e 0.53563(6)  0.15689(3)  0.40586(8)    1.       0             0
Bi 2  +3 4 e 0.18997(7)  0.13397(3)  0.71429(9)    1.       0             0
S 1  +6 4 e 0.8745(5) 0.1331(2) 0.0993(6)    1.          0                0
O 1  -2 4 e 0.3898(11)  0.2317(6) 0.6500(15)    1.       0       0.011(1)
O 2  -2 4 e 0.3254(12)  0.0522(6) 0.4997(16)    1.       H1    0.012(2)
O 3  -2 4 e 0.3966(13)  0.0752(7) 0.0378(17)    1.       H1    0.015(2)
O 4  -2 4 e 0.7364(13)  0.2028(7) 0.1239(18)    1.       0       0.020(2)

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1楼 2013-12-03 17:32:14

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souledge

专家顾问 (著名写手)

★ ★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
ben_ladeng: 金币+1, 专家考核 2013-12-05 21:02:51

Position of 8 Elements of H Are Undetermined.
如果是类似于水合物的形式，考虑到水分子可能会有转动，H的位置基本不会非常固定。可以以给出的CIF为基础建模，然后根据CIF中指出的哪些O原子是与H结合形成水分子的，手动在附近添加H原子。然后通过Geo Opt来找到比较合适的H原子位置即可。

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