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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】ICSD导出cif中没有氢原子坐标
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南墙2014

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】ICSD导出cif中没有氢原子坐标

我的FINDIT是2009，其中导出一个文件中没有氢原子坐标，用MS打开也没有显示H。详细信息如下：
1.其中有两个氧原子坐标后面均标有H1，请问这是表示什么？
2.有没有别的途径得到最新的CIF文件
3.遇到这样情况下面计算应该怎么进行，大家有没有经验可以参考
金币不多，希望大家多多帮忙交流探讨。

Position of 8 Elements of H Are Undetermined.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF                   H              ITF(U)   
Bi   1  +3    4 e   0.53563(6)  0.15689(3)  0.40586(8)     1.         0               0
Bi   2  +3    4 e   0.18997(7)  0.13397(3)  0.71429(9)     1.         0               0
S    1  +6    4 e   0.8745(5)   0.1331(2)   0.0993(6)      1.           0                 0
O    1  -2    4 e   0.3898(11)  0.2317(6)   0.6500(15)     1.          0        0.011(1)
O    2  -2    4 e   0.3254(12)  0.0522(6)   0.4997(16)     1.        H1       0.012(2)
O    3  -2    4 e   0.3966(13)  0.0752(7)   0.0378(17)     1.         H1       0.015(2)
O    4  -2    4 e   0.7364(13)  0.2028(7)   0.1239(18)     1.         0        0.020(2)
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1楼 2013-12-03 17:32:14
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
ben_ladeng: 金币+1, 专家考核 2013-12-05 21:02:51
Position of 8 Elements of H Are Undetermined.
如果是类似于水合物的形式，考虑到水分子可能会有转动，H的位置基本不会非常固定。可以以给出的CIF为基础建模，然后根据CIF中指出的哪些O原子是与H结合形成水分子的，手动在附近添加H原子。然后通过Geo Opt来找到比较合适的H原子位置即可。
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22楼2013-12-03 23:42:33
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