应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】ICSD导出cif中没有氢原子坐标
471/1返回列表
查看: 4811  |  回复: 46
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

南墙2014

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】ICSD导出cif中没有氢原子坐标

我的FINDIT是2009，其中导出一个文件中没有氢原子坐标，用MS打开也没有显示H。详细信息如下：
1.其中有两个氧原子坐标后面均标有H1，请问这是表示什么？
2.有没有别的途径得到最新的CIF文件
3.遇到这样情况下面计算应该怎么进行，大家有没有经验可以参考
金币不多，希望大家多多帮忙交流探讨。

Position of 8 Elements of H Are Undetermined.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF                   H              ITF(U)   
Bi   1  +3    4 e   0.53563(6)  0.15689(3)  0.40586(8)     1.         0               0
Bi   2  +3    4 e   0.18997(7)  0.13397(3)  0.71429(9)     1.         0               0
S    1  +6    4 e   0.8745(5)   0.1331(2)   0.0993(6)      1.           0                 0
O    1  -2    4 e   0.3898(11)  0.2317(6)   0.6500(15)     1.          0        0.011(1)
O    2  -2    4 e   0.3254(12)  0.0522(6)   0.4997(16)     1.        H1       0.012(2)
O    3  -2    4 e   0.3966(13)  0.0752(7)   0.0378(17)     1.         H1       0.015(2)
O    4  -2    4 e   0.7364(13)  0.2028(7)   0.1239(18)     1.         0        0.020(2)
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

基础知识

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼2013-12-03 17:32:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
ben_ladeng: 金币+1, 专家考核 2013-12-05 21:02:51
Position of 8 Elements of H Are Undetermined.
如果是类似于水合物的形式，考虑到水分子可能会有转动，H的位置基本不会非常固定。可以以给出的CIF为基础建模，然后根据CIF中指出的哪些O原子是与H结合形成水分子的，手动在附近添加H原子。然后通过Geo Opt来找到比较合适的H原子位置即可。
赞一下(1人) 回复此楼
22楼2013-12-03 23:42:33
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fzx2008

荣誉版主 (著名写手)
★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
因为实验上，H的位置不好测~
赞一下 回复此楼
16楼2013-12-03 19:07:37
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

南墙2014

木虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by fzx2008 at 2013-12-03 19:07:37
因为实验上，H的位置不好测~

那最新的ICSD数据库有没有可能会更新有H的位置呢，如果一直找不到有H位置的晶胞是不是就不能计算了
赞一下 回复此楼
18楼2013-12-03 20:47:14
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fzx2008

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
18楼: Originally posted by 南墙2014 at 2013-12-03 20:47:14
那最新的ICSD数据库有没有可能会更新有H的位置呢，如果一直找不到有H位置的晶胞是不是就不能计算了...

一般可能行也不大

要计算的话需要考虑手动加H，那就有多种构型考虑
记得Walsh有篇类似的文章，给JACS上的一个MOF结构手动加H计算的
赞一下 回复此楼
19楼2013-12-03 20:51:08
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

南墙2014

木虫 (正式写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by fzx2008 at 2013-12-03 20:51:08
一般可能行也不大

要计算的话需要考虑手动加H，那就有多种构型考虑
记得Walsh有篇类似的文章，给JACS上的一个MOF结构手动加H计算的...

能不能提供一下具体的DIO号，或者文献名称具体一点的信息呀。如果我能找到就最好了，非常感谢
赞一下 回复此楼
20楼2013-12-03 22:51:51
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wendy3

金虫 (文坛精英)
★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
Best wishes
回复此楼
25楼2013-12-04 00:20:20
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

muchfan

木虫 (知名作家)
★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
Good luck
回复此楼
26楼2013-12-04 00:20:28
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fakebook

木虫 (文坛精英)
★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
Best wishes
回复此楼
32楼2013-12-04 04:20:14
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

seeforme

新虫 (知名作家)
★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
Good luck
回复此楼
33楼2013-12-04 04:22:25
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

linxi5925

至尊木虫 (知名作家)
★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
祝福楼主
回复此楼
34楼2013-12-04 04:55:31
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mzhyan

至尊木虫 (文坛精英)
★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
blessing
回复此楼
35楼2013-12-04 08:02:27
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

heibi

金虫 (文坛精英)
★
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
深深祝福
回复此楼
36楼2013-12-04 08:20:15
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

南墙2014

木虫 (正式写手)
引用回帖:
22楼: Originally posted by souledge at 2013-12-03 23:42:33
Position of 8 Elements of H Are Undetermined.
如果是类似于水合物的形式，考虑到水分子可能会有转动，H的位置基本不会非常固定。可以以给出的CIF为基础建模，然后根据CIF中指出的哪些O原子是与H结合形成水分子的 ...

我按照方法，Geo Opt以后，O-H键长到了理论值，但是各个原子间成键的方式没有改变，看上去是不合理的。族群由P121/C1变为P1，rebu crystal以后变得十分紊乱。按照经验有没有解决的方式呢？
赞一下 回复此楼
43楼2013-12-04 16:22:58
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
readytogo2楼
2013-12-03 18:04   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
xianzhi20103楼
2013-12-03 18:19   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
wlxiao4楼
2013-12-03 18:20   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
假大空5楼
2013-12-03 18:21   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
yaoyao1456楼
2013-12-03 18:23   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
doublehaohao7楼
2013-12-03 18:29   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
haixiawu8楼
2013-12-03 18:30   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
base080303089楼
2013-12-03 18:32   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
userhung10楼
2013-12-03 18:34   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
florahdu11楼
2013-12-03 18:37   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
会飞的乌龟--12楼
2013-12-03 18:40   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
会飞的乌龟--13楼
2013-12-03 18:41   回复  
liulinkk14楼
2013-12-03 18:54   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
westlife91115楼
2013-12-03 18:58   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
1
goingabroad17楼
2013-12-03 19:12   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
ohcesc21楼
2013-12-03 23:19   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
1
宋全伟23楼
2013-12-03 23:51   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
， [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
xiejf24楼
2013-12-04 00:06   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
youngwentao27楼
2013-12-04 00:31   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
Sannv28楼
2013-12-04 01:14   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
祝福
miaojiabing29楼
2013-12-04 01:56   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
天涯201230楼
2013-12-04 02:00   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
梦青诗31楼
2013-12-04 02:45   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
祝福
lzboy31537楼
2013-12-04 08:23   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
段小飞38楼
2013-12-04 08:24   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
05060504439楼
2013-12-04 08:40   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
zhchzhsh207640楼
2013-12-04 08:44   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
aboluo19833141楼
2013-12-04 09:00   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
triboyao42楼
2013-12-04 09:18   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
neu23444楼
2013-12-04 17:14   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
燕大侠45楼
2013-12-04 17:32   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
a20050546楼
2013-12-04 17:35   回复  
南墙2014(金币+1): 谢谢参与
cheng二江47楼
2015-06-01 11:06   回复  
相关版块跳转 我要订阅楼主 SouW2014 的主题更新
471/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭