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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 从ICSD中导出SiGe的cif文件，在material studio打开，怎么只有Si原子，没有Ge原子
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月下冰魂

木虫 (正式写手)

[交流] 从ICSD中导出SiGe的cif文件，在material studio打开，怎么只有Si原子，没有Ge原子

如题，在ICSD导出Si0.5Ge0.5后，在MS打开，木有Ge原子，怎么回事呢？
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1楼2012-03-26 23:14:14
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乐石||

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
liliangfang: 金币+1, 有可能是这情况，谢谢 2012-03-28 08:41:30
月下冰魂: 金币+5, 谢谢 2012-04-18 08:17:04
其实在这个软件里显示非完全占据的原子就是一种颜色，改颜色好像可以单独改，不和对称性关联

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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10楼2012-03-28 00:12:54
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月下冰魂

木虫 (正式写手)
自己顶一哈咯。。。
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2楼2012-03-27 10:34:32
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乐石||

木虫 (正式写手)
是合金相吧？
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3楼2012-03-27 14:16:33
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月下冰魂

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 乐石|| at 2012-03-27 14:16:33:
是合金相吧？

是的。SiGe是合金
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4楼2012-03-27 14:45:28
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乐石||

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fzx2008: , 谢谢回帖交流！ 2012-03-27 17:26:50
那导出来就是这样了，可以手动把某些原子设成Ge.或者在MS视窗中点该原子的属性，调节合金比例。比如Si0.5Ge0.5
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5楼2012-03-27 15:29:10
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月下冰魂

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 乐石|| at 2012-03-27 15:29:10:
那导出来就是这样了，可以手动把某些原子设成Ge.或者在MS视窗中点该原子的属性，调节合金比例。比如Si0.5Ge0.5

我直接导进去后，在property，Filter选择原子后，composition选项就是Si0.5Ge0.5了。但是显示出来的仍是Si呀。要是手动添加Ge的话，感觉就不是随机占位了。不知道还有什么方法呀？？
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6楼2012-03-27 16:11:45
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乐石||

木虫 (正式写手)
改颜色~
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7楼2012-03-27 17:20:45
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月下冰魂

木虫 (正式写手)
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7楼: Originally posted by 乐石|| at 2012-03-27 17:20:45:
改颜色~

不对呀，我改了颜色，也是一样的颜色。我吧原子加上元素符号，也都是Si呀。
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8楼2012-03-27 18:02:02
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月下冰魂

木虫 (正式写手)
改了颜色就是这样呀。。。
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9楼2012-03-27 18:03:39
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jianying8996

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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9楼: Originally posted by 月下冰魂 at 2012-03-27 18:03:39
改了颜色就是这样呀。。。

求助，我也遇到了这样的问题，显然不是用改变颜色或者占据就能完善的啊？不知道哪里错了，求指教！
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11楼2013-01-05 21:24:52
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月下冰魂

木虫 (正式写手)
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11楼: Originally posted by jianying8996 at 2013-01-05 21:24:52
求助，我也遇到了这样的问题，显然不是用改变颜色或者占据就能完善的啊？不知道哪里错了，求指教！...

好像就是这样子的。每一个原子的组分就是合金，只是不能单独显示而已
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12楼2013-01-06 18:02:08
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jianying8996

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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12楼: Originally posted by 月下冰魂 at 2013-01-06 18:02:08
好像就是这样子的。每一个原子的组分就是合金，只是不能单独显示而已...

楼主MM的意思是将原子手动替换成取代原子？
比如我画的是锌铝水滑石，只显示了锌原子，然后将部分的锌按照比例换成铝就可以了吗？
这样的话有没有替换的规则啊？
非常感谢！
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13楼2013-01-07 10:05:40
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jianying8996

木虫 (著名写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 月下冰魂 at 2013-01-06 18:02:08
好像就是这样子的。每一个原子的组分就是合金，只是不能单独显示而已...

是GG，不是MM，你的头像有点性别差异
不好意思，哈哈！多多包涵！
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14楼2013-01-07 10:06:49
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月下冰魂

木虫 (正式写手)
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13楼: Originally posted by jianying8996 at 2013-01-07 10:05:40
楼主MM的意思是将原子手动替换成取代原子？
比如我画的是锌铝水滑石，只显示了锌原子，然后将部分的锌按照比例换成铝就可以了吗？
这样的话有没有替换的规则啊？
非常感谢！...

我感觉有两种吧。一种是直接对你的锌原子，在MS中property-isMixtureAtom双击，把每个锌原子的都改成MixtureAtom。
另一种是选择其中的特定的锌原子，把其全部替代为Al。这时候就涉及到到底替代哪个Zn的问题。本质上是要找到一个一个位置，这个位置替代后系统能量最低。所以，可能得去试一试了。或者，直接看文献，可能会有现成的结果。
   个人意见，仅供参考哈。
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15楼2013-01-07 10:42:38
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jianying8996

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
15楼: Originally posted by 月下冰魂 at 2013-01-07 10:42:38
我感觉有两种吧。一种是直接对你的锌原子，在MS中property-isMixtureAtom双击，把每个锌原子的都改成MixtureAtom。
另一种是选择其中的特定的锌原子，把其全部替代为Al。这时候就涉及到到底替代哪个Zn的问题。本质 ...

嗯，我是那样改的，一开始从AMSCD上下载的原来是需要自己手动修改替换原子的！！！
但是中间的H2O或CO3离子怎么设置啊？就是层间的小分子，明显不对啊？楼主指教！
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16楼2013-01-07 13:09:10
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月下冰魂

木虫 (正式写手)
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16楼: Originally posted by jianying8996 at 2013-01-07 13:09:10
嗯，我是那样改的，一开始从AMSCD上下载的原来是需要自己手动修改替换原子的！！！
但是中间的H2O或CO3离子怎么设置啊？就是层间的小分子，明显不对啊？楼主指教！...

层间的小分子，有一种方法是，先将这个小分子单独结构优化， 再将其挪到界面特定位置处。具体的哪个位置也是遵循能量最低原理。可以多选几个位置，比较优化后的能量。
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17楼2013-01-07 22:48:16
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