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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 线粒体基因组D-loop区遇到高度重复序列，求指点
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liuevans

木虫 (正式写手)

[求助] 线粒体基因组D-loop区遇到高度重复序列，求指点 已有1人参与

线粒体基因组D-loop区遇到高度重复序列，无法测通，请高人指点，具体情况如下。

我最初的打算是测一个蛛形纲动物的线粒体基因组，现在基本测完，只剩下D-loop区了，这个片段我设计的引物是在D-loop区侧翼，总长3k，扩增成功，正常双向测序，分别测了一个反应就测不下去了，因为两端重复序列太多，无法设计walking引物，分析已经测通的序列结果，两端都有tandem repeats，估计这就是测不通的原因。据我了解，测序对这种高度串联重复序列很难解决，就算测通也是运气好。所以，求高人指导，希望早日测通，在此谢谢了！
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1楼 2013-11-29 10:18:07
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stoni

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

建议：首先获得PCR产物；然后，PCR产物进行酶切，变成小片段；克隆小片段；拼接组装。
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3楼2014-12-20 15:54:10
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zhuht1983

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-11-29 13:09:39
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2013-11-29 13:13:45
本帖内容被屏蔽
2楼2013-11-29 11:03:55
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