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caidong0804

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] ds opose

用DS做分子对接时,把蛋白晶体结构中的配体直接扣出来,再想按原位置对回去,为什么出现0pose
具体过程:打开蛋白结构,删除水,加氢,clean protein ,赋予力场,根据文献关键AA定义球
将小分子配体剪切,在新窗口粘贴,加氢,赋予力场
cdocker 参数都按照讲义设置的,对接的结果是0pose
谁能帮我看看,问题出在哪里,球的大小都改了试了N变还是不行,实在没辙了。
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-04 08:41:28
可以看你的结果文件么,参数设置截图什么的
宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
3楼2013-12-03 19:41:11
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iovvoi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-11-28 08:31:35
过程没问题  换一种对接算法
2楼2013-11-27 20:36:21
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