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周大熊

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[求助] 16srRNA序列只能查到载体下游序列，不能查到上游，为什么~》》

为啥呢~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~已经反相互补过，就能查到下游序列

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1楼2013-11-27 13:38:56

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michael_sc

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

你送测的样品是用什么引物p的？是做了TA clone之后送的？
理论上你送测然后用27f，1492r之类的测序是没办法找到上下游引物的，因为测序方法的问题，前几十bp是不能用的。
如果是做了TA clone的话，用质粒上引物测序是肯定能得到上下游引物的。
所以我觉得几种可能：
1. 上游引物在测序的时候没读好，有一俩个碱基测错。
2. 细菌本身在上游引物位点有一两个碱基的突变。
3. 测序结果你在拼接的时候没拼好= =

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2楼2013-11-28 12:12:43

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周大熊

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引用回帖:

2楼: Originally posted by michael_sc at 2013-11-28 12:12:43
你送测的样品是用什么引物p的？是做了TA clone之后送的？
理论上你送测然后用27f，1492r之类的测序是没办法找到上下游引物的，因为测序方法的问题，前几十bp是不能用的。
如果是做了TA clone的话，用质粒上引物 ...

用PMD，挑单克隆送的，那这个结果还能用吗，我要提交到NCBI上~~

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3楼2013-11-28 13:45:02

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