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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 怎样对一个酶进行同源建模，能分析出合理的突变位点
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漫天雪涯

铜虫 (初入文坛)

[求助] 怎样对一个酶进行同源建模，能分析出合理的突变位点已有3人参与

求助/(ㄒoㄒ)/~~
我在做酶的定点突变，现在要同源建模，来寻找突变位点。
但是SWISS模拟出来的结果好奇怪，300aa的氨基酸模拟出来变成500+aa了，而且我完全不知道怎么分析？
求各位指导一下。是不是有别的同源建模的方法，可以分析出突变位点。
ヾ(≧O≦)〃实验室就我一个人做这个，都木有交流的人，好可怜嘤嘤嘤……
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1楼2013-11-12 09:31:49
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-15 09:56:14
SWISS建模结果不是太理想，像你这样完全盲目的去做，可能会出现很多问题。
建议你去看看modeller 简单学学建模的基本原理再做
突变位点可以通过和别人的模型比较以及自己的实验需求来定了
这个目前还是非常看运气的 不差钱的话最好尽量多做 保证有可用的数据
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2楼2013-11-14 11:27:45
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导。 2014-01-09 19:29:43
如果没有SID>30%的结构模板，需要用ab initio建模。这种情况下，modeller白扯，TASSER和ROSSETA可能还行，需要进一步详细判断。
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泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
10楼2014-01-09 14:50:31
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普通回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
漫天雪涯: 金币+1, ★有帮助 2013-11-15 09:36:59
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-15 09:56:21
本帖内容被屏蔽
3楼2013-11-14 14:28:50
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漫天雪涯

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ferlich at 2013-11-14 14:28:50
对于同源模建，你需要寻找与你序列同源性高的蛋白晶体结构，你的序列和晶体结构的同源性高的话，同源模建的结果才有意义

可是找不到相似度特别高的已结晶蛋白/(ㄒoㄒ)/~~
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4楼2013-11-15 09:36:46
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-21 09:03:37
漫天雪涯: 金币+1, ★有帮助 2013-11-23 19:03:16
本帖内容被屏蔽
5楼2013-11-20 16:50:48
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JAYWEN书生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

月只蓝: 鼓励交流，但非提供实质性应助内容，请勿选择应助回帖。 2014-01-09 19:29:35
我就在做这个，可以交流
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6楼2014-01-02 15:06:19
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漫天雪涯

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by JAYWEN书生 at 2014-01-02 15:06:19
我就在做这个，可以交流

我在做一个酶的点突变，希望提高酶活。但是用SWISS和I-TASSER模拟出来效果都不是很好/(ㄒoㄒ)/~~
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7楼2014-01-02 21:27:05
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JAYWEN书生

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 漫天雪涯 at 2014-01-02 21:27:05
我在做一个酶的点突变，希望提高酶活。但是用SWISS和I-TASSER模拟出来效果都不是很好/(ㄒoㄒ)/~~...

可以看一下你的序列和模拟结果，I-TASSER根据二级结构和三维结构改造，可以在螺旋上减小侧链，也可以在折叠上设计盐桥
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8楼2014-01-07 16:20:12
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漫天雪涯

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by JAYWEN书生 at 2014-01-07 16:20:12
可以看一下你的序列和模拟结果，I-TASSER根据二级结构和三维结构改造，可以在螺旋上减小侧链，也可以在折叠上设计盐桥...

我的蛋白就是活性中心基本已知，但是同源建模的话同源蛋白很少，同源性不超过30%。。。我想就在活性中心附近改造一下看看，这样应该会好一点吧(⊙_⊙)？
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9楼2014-01-09 14:34:26
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