应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 怎样对一个酶进行同源建模，能分析出合理的突变位点
121/2返回列表12下一页
查看: 3637  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

漫天雪涯

铜虫 (初入文坛)

[求助] 怎样对一个酶进行同源建模，能分析出合理的突变位点 已有3人参与

求助/(ㄒoㄒ)/~~
我在做酶的定点突变，现在要同源建模，来寻找突变位点。
但是SWISS模拟出来的结果好奇怪，300aa的氨基酸模拟出来变成500+aa了，而且我完全不知道怎么分析？
求各位指导一下。是不是有别的同源建模的方法，可以分析出突变位点。
ヾ(≧O≦)〃实验室就我一个人做这个，都木有交流的人，好可怜嘤嘤嘤……
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-11-12 09:31:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-15 09:56:14
SWISS建模结果不是太理想，像你这样完全盲目的去做，可能会出现很多问题。
建议你去看看modeller 简单学学建模的基本原理再做
突变位点可以通过和别人的模型比较以及自己的实验需求来定了
这个目前还是非常看运气的 不差钱的话最好尽量多做 保证有可用的数据
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-11-14 11:27:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导。 2014-01-09 19:29:43
如果没有SID>30%的结构模板，需要用ab initio建模。这种情况下，modeller白扯，TASSER和ROSSETA可能还行，需要进一步详细判断。
赞一下(1人) 回复此楼
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
10楼2014-01-09 14:50:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
漫天雪涯: 金币+1, ★有帮助 2013-11-15 09:36:59
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-15 09:56:21
本帖内容被屏蔽
3楼2013-11-14 14:28:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

漫天雪涯

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ferlich at 2013-11-14 14:28:50
对于同源模建，你需要寻找与你序列同源性高的蛋白晶体结构，你的序列和晶体结构的同源性高的话，同源模建的结果才有意义

可是找不到相似度特别高的已结晶蛋白/(ㄒoㄒ)/~~
赞一下 回复此楼
4楼2013-11-15 09:36:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-21 09:03:37
漫天雪涯: 金币+1, ★有帮助 2013-11-23 19:03:16
本帖内容被屏蔽
5楼2013-11-20 16:50:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

JAYWEN书生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

月只蓝: 鼓励交流，但非提供实质性应助内容，请勿选择应助回帖。 2014-01-09 19:29:35
我就在做这个，可以交流
赞一下 回复此楼
6楼2014-01-02 15:06:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

漫天雪涯

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by JAYWEN书生 at 2014-01-02 15:06:19
我就在做这个，可以交流

我在做一个酶的点突变，希望提高酶活。但是用SWISS和I-TASSER模拟出来效果都不是很好/(ㄒoㄒ)/~~
赞一下 回复此楼
7楼2014-01-02 21:27:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

JAYWEN书生

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 漫天雪涯 at 2014-01-02 21:27:05
我在做一个酶的点突变，希望提高酶活。但是用SWISS和I-TASSER模拟出来效果都不是很好/(ㄒoㄒ)/~~...

可以看一下你的序列和模拟结果，I-TASSER根据二级结构和三维结构改造，可以在螺旋上减小侧链，也可以在折叠上设计盐桥
赞一下 回复此楼
8楼2014-01-07 16:20:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

漫天雪涯

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by JAYWEN书生 at 2014-01-07 16:20:12
可以看一下你的序列和模拟结果，I-TASSER根据二级结构和三维结构改造，可以在螺旋上减小侧链，也可以在折叠上设计盐桥...

我的蛋白就是活性中心基本已知，但是同源建模的话同源蛋白很少，同源性不超过30%。。。我想就在活性中心附近改造一下看看，这样应该会好一点吧(⊙_⊙)？
赞一下 回复此楼
9楼2014-01-09 14:34:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 漫天雪涯 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +12 Tide man 2026-08-10 13/650 2026-08-15 16:34 by 氺木
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +27 医学老男孩 2026-08-13 58/2900 2026-08-15 15:57 by GZUZM
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +7 Ldrop2023 2026-08-13 7/350 2026-08-15 15:57 by mzhh2000
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-15 11:41 by KxMI1BYBxWX1
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 HFw0lei2R37i 2026-08-14 9/450 2026-08-15 11:33 by KxMI1BYBxWX1
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 7lpolszZVXgi 2026-08-14 6/300 2026-08-15 09:28 by sunzitan
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 5/250 2026-08-15 04:45 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 22/1100 2026-08-14 23:45 by Noways
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-14 22:32 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[基金申请] FileCode能看出啥？ +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[文学芳草园] 阿姨 +4 汪汪锅 2026-08-09 4/200 2026-08-13 19:43 by arzu_hma
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭