应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 怎样对一个酶进行同源建模，能分析出合理的突变位点
121/2返回列表12下一页
查看: 3636  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

漫天雪涯

铜虫 (初入文坛)

[求助] 怎样对一个酶进行同源建模，能分析出合理的突变位点 已有3人参与

求助/(ㄒoㄒ)/~~
我在做酶的定点突变，现在要同源建模，来寻找突变位点。
但是SWISS模拟出来的结果好奇怪，300aa的氨基酸模拟出来变成500+aa了，而且我完全不知道怎么分析？
求各位指导一下。是不是有别的同源建模的方法，可以分析出突变位点。
ヾ(≧O≦)〃实验室就我一个人做这个，都木有交流的人，好可怜嘤嘤嘤……
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-11-12 09:31:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-11-15 09:56:14
SWISS建模结果不是太理想，像你这样完全盲目的去做，可能会出现很多问题。
建议你去看看modeller 简单学学建模的基本原理再做
突变位点可以通过和别人的模型比较以及自己的实验需求来定了
这个目前还是非常看运气的 不差钱的话最好尽量多做 保证有可用的数据
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-11-14 11:27:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导。 2014-01-09 19:29:43
如果没有SID>30%的结构模板，需要用ab initio建模。这种情况下，modeller白扯，TASSER和ROSSETA可能还行，需要进一步详细判断。
赞一下(1人) 回复此楼
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
10楼2014-01-09 14:50:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
漫天雪涯: 金币+1, ★有帮助 2013-11-15 09:36:59
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-15 09:56:21
本帖内容被屏蔽
3楼2013-11-14 14:28:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

漫天雪涯

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ferlich at 2013-11-14 14:28:50
对于同源模建，你需要寻找与你序列同源性高的蛋白晶体结构，你的序列和晶体结构的同源性高的话，同源模建的结果才有意义

可是找不到相似度特别高的已结晶蛋白/(ㄒoㄒ)/~~
赞一下 回复此楼
4楼2013-11-15 09:36:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导！ 2013-11-21 09:03:37
漫天雪涯: 金币+1, ★有帮助 2013-11-23 19:03:16
本帖内容被屏蔽
5楼2013-11-20 16:50:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

JAYWEN书生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

月只蓝: 鼓励交流，但非提供实质性应助内容，请勿选择应助回帖。 2014-01-09 19:29:35
我就在做这个，可以交流
赞一下 回复此楼
6楼2014-01-02 15:06:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

漫天雪涯

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by JAYWEN书生 at 2014-01-02 15:06:19
我就在做这个，可以交流

我在做一个酶的点突变，希望提高酶活。但是用SWISS和I-TASSER模拟出来效果都不是很好/(ㄒoㄒ)/~~
赞一下 回复此楼
7楼2014-01-02 21:27:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

JAYWEN书生

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 漫天雪涯 at 2014-01-02 21:27:05
我在做一个酶的点突变，希望提高酶活。但是用SWISS和I-TASSER模拟出来效果都不是很好/(ㄒoㄒ)/~~...

可以看一下你的序列和模拟结果，I-TASSER根据二级结构和三维结构改造，可以在螺旋上减小侧链，也可以在折叠上设计盐桥
赞一下 回复此楼
8楼2014-01-07 16:20:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

漫天雪涯

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by JAYWEN书生 at 2014-01-07 16:20:12
可以看一下你的序列和模拟结果，I-TASSER根据二级结构和三维结构改造，可以在螺旋上减小侧链，也可以在折叠上设计盐桥...

我的蛋白就是活性中心基本已知，但是同源建模的话同源蛋白很少，同源性不超过30%。。。我想就在活性中心附近改造一下看看，这样应该会好一点吧(⊙_⊙)？
赞一下 回复此楼
9楼2014-01-09 14:34:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 漫天雪涯 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +7 majunge000 2026-08-11 9/450 2026-08-15 13:34 by kiz2011
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 7lpolszZVXgi 2026-08-14 6/300 2026-08-15 09:28 by sunzitan
[基金申请] filecode +7 cratir 2026-08-14 11/550 2026-08-15 06:19 by 学员8dgXkO
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 5/250 2026-08-15 04:45 by 4wMiSEwB6436
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-15 00:16 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23 Lanmanbaby 2026-08-09 37/1850 2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭