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jinhanyong

新虫 (初入文坛)

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虫号: 2538787
注册: 2013-07-09
专业: 生物大分子结构与功能

[求助] scan时的疑问

大家好，我最近在找过渡态。当我分别优化完两个反应物时准备做个scan，但是却遇到了如下问题：
  如图这是我将大小分子连接在一起准备做扫描时的输入结构，其中52S、53C部分是小分子反应物，其余的是大分子反应物部分（大小反应物分子连接后未进行整体结构优化，这里52S和17C之间的键长我设计的略长于标准键长，17C和19O本来是双键，这里我把它变成了单键且是标准长度）但是当我准备scan1号N和17号C断键时的势能面时，发现它们并未断裂。反而17C和52S之间的距离越来越远，我猜测应该是结构不够好导致，但是进行了多次修改尝试后情况未发生变化。所以希望有了解这方面的能够帮忙分析分析并且给予解决的方案。
  这里我要找的是小分子取代17号C上1号N部分反应的过渡态。下面这是我的输入文件的分子截图，以及输入文件。
%chk=scan12.chk
%mem=24GB
%nprocshared=12
#p b3lyp/6-311+g* maxdisk=4GB
opt=modredundant iop(5/13=1,1/11=1,2/16=1) optcyc=40 scfcyc=500
Title Card Required
0 2
N                -0.22261003 -1.79938718 -1.03716497
C                0.92808097 -0.90709518 -1.23831697
C                2.21852797 -1.47117018 -0.61263197
C                3.28573597 -0.39119818 -0.60141497
C                2.88208497 0.78669382 0.28152703
C                4.01865497 1.79521782 0.28579403
C                3.73601397 3.24735482 0.52767803
C                5.26584097 1.32130982 0.13236503
C                5.57923797 -0.12043118 0.03486503
O                6.69086397 -0.56953618 0.16531103
O                4.52946397 -0.97271618 -0.16432397
C                1.51748297 1.28049082 -0.14326297
C                0.63959797 0.51057082 -0.78535697
N                -2.50396340 -3.44089133 1.53424568
C                -2.13080240 -2.94432833 0.21313368
C                -3.31210540 -2.19470233 -0.44527832
C                -0.86927940 -2.04703133 0.25951968
C                -3.71926240 -0.89619833 0.25745668
O                -0.46372940 -1.56110333 1.30506468
C                -4.90604340 -0.21217333 -0.43773032
N                -5.35898040 1.05505167 0.14132668
C                -4.69893940 2.28041267 -0.28190832
N                -3.26134640 2.31384267 0.01706268
N                -5.37027340 3.47157067 0.23757968
H                -0.60570103 -2.25238318 -1.85189997
H                1.05854697 -0.87627218 -2.32778697
H                2.01688197 -1.79761018 0.40921303
H                2.56815197 -2.33734118 -1.18036997
H                3.44438597 -0.01439018 -1.62154997
H                2.78809797 0.41880782 1.31769703
H                4.65780997 3.82578382 0.60351903
H                3.16727297 3.38787182 1.45390803
H                3.13053197 3.67418582 -0.27868797
H                6.13499097 1.96871682 0.17027703
H                1.22816297 2.28836782 0.13812803
H                -0.34624403 0.89887582 -1.02840297
H                -1.88200140 -4.19482833 1.80878168
H                -1.91014040 -3.81644533 -0.41386532
H                -3.06301340 -1.97374933 -1.49129632
H                -4.15578440 -2.89194633 -0.46431132
H                -3.99731140 -1.11641433 1.29565368
H                -2.87907540 -0.19920433 0.28766968
H                -4.65655540 -0.01555033 -1.48615032
H                -5.76027240 -0.90008133 -0.45108732
H                -5.43934240 1.00681967 1.15345368
H                -4.78763740 2.32057267 -1.37300932
H                -5.25120540 3.54265167 1.24561868
H                -6.36788640 3.41558267 0.05024168
H                -3.10015340 2.17266667 1.01219068
H                -2.35297740 -2.70516133 2.21954268
H                -2.89544040 3.23244567 -0.22134132
S                -0.25870767 -3.79473103 0.43937492
C                0.73791469 -5.30391996 0.48199040
H                1.29928157 -5.39102337 1.41296689
H                0.03895780 -6.14725018 0.43399925
H                1.40325021 -5.37329613 -0.37926170
B 17 1 1.4 S 25 0.05000

psb.png

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