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[求助]
scan时的疑问
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大家好，我最近在找过渡态。当我分别优化完两个反应物时准备做个scan，但是却遇到了如下问题： 如图这是我将大小分子连接在一起准备做扫描时的输入结构，其中52S、53C部分是小分子反应物，其余的是大分子反应物部分（大小反应物分子连接后未进行整体结构优化，这里52S和17C之间的键长我设计的略长于标准键长，17C和19O本来是双键，这里我把它变成了单键且是标准长度）但是当我准备scan1号N和17号C断键时的势能面时，发现它们并未断裂。反而17C和52S之间的距离越来越远，我猜测应该是结构不够好导致，但是进行了多次修改尝试后情况未发生变化。所以希望有了解这方面的能够帮忙分析分析并且给予解决的方案。 这里我要找的是小分子取代17号C上1号N部分反应的过渡态。下面这是我的输入文件的分子截图，以及输入文件。 %chk=scan12.chk %mem=24GB %nprocshared=12 #p b3lyp/6-311+g* maxdisk=4GB opt=modredundant iop(5/13=1,1/11=1,2/16=1) optcyc=40 scfcyc=500 Title Card Required 0 2 N -0.22261003 -1.79938718 -1.03716497 C 0.92808097 -0.90709518 -1.23831697 C 2.21852797 -1.47117018 -0.61263197 C 3.28573597 -0.39119818 -0.60141497 C 2.88208497 0.78669382 0.28152703 C 4.01865497 1.79521782 0.28579403 C 3.73601397 3.24735482 0.52767803 C 5.26584097 1.32130982 0.13236503 C 5.57923797 -0.12043118 0.03486503 O 6.69086397 -0.56953618 0.16531103 O 4.52946397 -0.97271618 -0.16432397 C 1.51748297 1.28049082 -0.14326297 C 0.63959797 0.51057082 -0.78535697 N -2.50396340 -3.44089133 1.53424568 C -2.13080240 -2.94432833 0.21313368 C -3.31210540 -2.19470233 -0.44527832 C -0.86927940 -2.04703133 0.25951968 C -3.71926240 -0.89619833 0.25745668 O -0.46372940 -1.56110333 1.30506468 C -4.90604340 -0.21217333 -0.43773032 N -5.35898040 1.05505167 0.14132668 C -4.69893940 2.28041267 -0.28190832 N -3.26134640 2.31384267 0.01706268 N -5.37027340 3.47157067 0.23757968 H -0.60570103 -2.25238318 -1.85189997 H 1.05854697 -0.87627218 -2.32778697 H 2.01688197 -1.79761018 0.40921303 H 2.56815197 -2.33734118 -1.18036997 H 3.44438597 -0.01439018 -1.62154997 H 2.78809797 0.41880782 1.31769703 H 4.65780997 3.82578382 0.60351903 H 3.16727297 3.38787182 1.45390803 H 3.13053197 3.67418582 -0.27868797 H 6.13499097 1.96871682 0.17027703 H 1.22816297 2.28836782 0.13812803 H -0.34624403 0.89887582 -1.02840297 H -1.88200140 -4.19482833 1.80878168 H -1.91014040 -3.81644533 -0.41386532 H -3.06301340 -1.97374933 -1.49129632 H -4.15578440 -2.89194633 -0.46431132 H -3.99731140 -1.11641433 1.29565368 H -2.87907540 -0.19920433 0.28766968 H -4.65655540 -0.01555033 -1.48615032 H -5.76027240 -0.90008133 -0.45108732 H -5.43934240 1.00681967 1.15345368 H -4.78763740 2.32057267 -1.37300932 H -5.25120540 3.54265167 1.24561868 H -6.36788640 3.41558267 0.05024168 H -3.10015340 2.17266667 1.01219068 H -2.35297740 -2.70516133 2.21954268 H -2.89544040 3.23244567 -0.22134132 S -0.25870767 -3.79473103 0.43937492 C 0.73791469 -5.30391996 0.48199040 H 1.29928157 -5.39102337 1.41296689 H 0.03895780 -6.14725018 0.43399925 H 1.40325021 -5.37329613 -0.37926170 B 17 1 1.4 S 25 0.05000  psb.png |
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