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wusai777

新虫 (初入文坛)

[求助] Blast 出来的质量不高 构不成发育树?!!!!

各位帮帮忙,我BLASt 出来的序列构不成发育树,我同学说我blast出来的质量不高所以构不成发育树。怎么选BLAST出来的结果啊?我是一般选第一个或第二个
!会不会是测序出来的16sDNA结果片段太短了啊?
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wusai777: 金币+1, 有帮助 2013-11-05 13:20:19
laozuzunzhe: 金币+3, 鼓励热心交流! 2013-11-06 14:22:04
16s?做原核呢,我们现在都用这个网站去比对了
http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/
注册一个账号后,登陆,点击左上角identify,
>菌株名
序列,然后比对,看results就行了,或者给我联系方式,我可以教你。
2楼2013-11-04 12:07:38
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wusai777

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dllchina at 2013-11-04 12:07:38
16s?做原核呢,我们现在都用这个网站去比对了
http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/
注册一个账号后,登陆,点击左上角identify,
>菌株名
序列,然后比对,看results就行了,或者给我联系方式,我可以教你。...

我是16s放线菌,但是我导师要求我在NCBI比对然后在LPSN查找模式菌株。。。
3楼2013-11-05 13:23:02
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20093651

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励应助! 2013-11-06 14:22:15
NCBI上有很多没发表的序列,注意选择,不过我不明白怎么就聚不成树?尽量选择发表的有效序列和长度相当的吧
但行好事,莫问前程
4楼2013-11-05 21:40:56
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