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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » ！！进化树构建问题！求大神指教！
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wangdongadd

新虫 (小有名气)

[求助] ！！进化树构建问题！求大神指教！

各位大神，我的DNA样品是经过DGGE切胶得到的，共切出18个样品，然后扩增纯化后送去公司，让他们做的克隆和测序，测序要求是每个板子上挑3个斑测序，现在已得到测序结果，共54个序列。现在想做进化树，请问该怎么做呢？是把54个已知序列和在NCBI上比对出来的序列一起做吗？比对时1个测序序列选几个比对序列呢？附件是我自己摸索的进化树，有什么问题吗？
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    • 2013-10-19 21:02:00, 58.08 K

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1楼 2013-10-19 21:02:22
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不叶珏

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2013-10-20 01:16:24
1、要看你是什么目的
2、要看你的序列是不是相近
3、每个板3个菌的话，suppose 序列应该是一样的 你先自己对比下这三个序列，看下一样否 不一样就放在一起画树

还是那句话，看你是什么目的
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借你一生好不好
2楼2013-10-19 23:53:10
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wangdongadd

新虫 (小有名气)
内容已删除
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3楼2013-10-20 15:49:16
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不叶珏

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangdongadd at 2013-10-20 15:49:16
三个序列我比对过了，多数不一样，只有一两个一样的。我看其他人发的文章都有进化树，所以我也试着想做，没有具体的目的。只是不知道该怎么建立进化树。附件是别人文章的结果，能降解下这样的树是怎么做出来的吗？ ...

MEGA 就可以做， 你搜下“MEGA 画进化树” 遍地都是教程的
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借你一生好不好
4楼2013-10-20 16:27:38
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不叶珏

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by wangdongadd at 2013-10-20 15:49:16
三个序列我比对过了，多数不一样，只有一两个一样的。我看其他人发的文章都有进化树，所以我也试着想做，没有具体的目的。只是不知道该怎么建立进化树。附件是别人文章的结果，能降解下这样的树是怎么做出来的吗？ ...

MEGA 就可以做， 你搜下“MEGA 画进化树” 遍地都是教程的
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借你一生好不好
5楼2013-10-20 16:27:49
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fanwq258

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
个人感觉mega 5.0比较好用 而且比其他版本操作简单
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要么好好活，要么死，拒绝半死不活
6楼2013-10-20 18:55:20
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wangdongadd

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 不叶珏 at 2013-10-20 16:27:49
MEGA 就可以做， 你搜下“MEGA 画进化树” 遍地都是教程的...

mega建树的大致步骤我了解一些，但是在blast的时候怎么选取合适的比对序列呢？比如哪些可以选，哪些不能选呢？有的说是名字里有环境样品和克隆的不能选，是这样的吗？
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7楼2013-10-20 20:29:53
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不叶珏

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wangdongadd at 2013-10-20 20:29:53
mega建树的大致步骤我了解一些，但是在blast的时候怎么选取合适的比对序列呢？比如哪些可以选，哪些不能选呢？有的说是名字里有环境样品和克隆的不能选，是这样的吗？...

你可以先blast NCBI的 nr库，去掉序列中载体的部分。再拿剩下的序列比对、画树
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借你一生好不好
8楼2013-10-20 23:20:04
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wangdongadd

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 不叶珏 at 2013-10-20 23:20:04
你可以先blast NCBI的 nr库，去掉序列中载体的部分。再拿剩下的序列比对、画树...

我的序列中没有载体序列，可以直接blast吧，那哪些序列是可以选取的呢？
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9楼2013-10-21 11:22:15
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