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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » REMD计算后收敛问题
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蓝洛水seven

银虫 (小有名气)

[求助] REMD计算后收敛问题

REMD计算完毕后，是不是用demux.pl对轨迹进行分析，但是我想用rmsd来判断收敛问题，怎么利用demux.pl的输出文件进行分析。。谢谢了
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hcf春妮

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Bemyself!
1楼 2013-10-13 16:03:26
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谷浩节

新虫 (初入文坛)
您好，我想问一下您是用gromacs做的关于温度的REMD吗？不知道您在选择温度范围的时候是怎样选择的，特别是最高温度的选择，而且通过温度副本生成网站生成的副本有很多，怎样选择合适的温度呢？我刚刚接触REMD，很多东西还是很清楚，做出来副本没有发生交换，谢谢您的指导，非常感谢！
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3楼2017-05-24 17:01:15
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hcf春妮

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
您好！我想请教一下关于Gromacs做REMD时，最高温度的选取您是怎样的选取的，及选取依据是什么？
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2楼2017-05-09 08:37:47
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