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蓝洛水seven

银虫 (小有名气)

[求助] REMD计算后收敛问题

REMD计算完毕后,是不是用demux.pl对轨迹进行分析,但是我想用rmsd来判断收敛问题,怎么利用demux.pl的输出文件进行分析。。谢谢了
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Bemyself!
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谷浩节

新虫 (初入文坛)

您好,我想问一下您是用gromacs做的关于温度的REMD吗?不知道您在选择温度范围的时候是怎样选择的,特别是最高温度的选择,而且通过温度副本生成网站生成的副本有很多,怎样选择合适的温度呢?我刚刚接触REMD,很多东西还是很清楚,做出来副本没有发生交换,谢谢您的指导,非常感谢!
3楼2017-05-24 17:01:15
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hcf春妮

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
您好!我想请教一下关于Gromacs做REMD时,最高温度的选取您是怎样的选取的,及选取依据是什么?
2楼2017-05-09 08:37:47
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