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崔永霞

铁虫 (小有名气)

[求助] 引物设计

我最近在做基因克隆的实验,设计了好几次引物都扩不出全长来,感觉快奔溃了,有没有哪位高手可以帮我设计对引物啊,可以的话我把基因序列发过去,拜托各位高手了。
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每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
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守望者047

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-09-20 19:57:27
崔永霞: 金币+1, 有帮助 2013-09-22 14:29:51
扩未知序列全长需要做race,需要设计很多对引物。如果目的序列是已知全长序列的一部分,可以把全长序列(或者Genebank登录号)和目的序列的范围传上来。
数往者顺,知来者逆!
2楼2013-09-20 19:39:35
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zhenwuhuang

至尊木虫 (文学泰斗)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖交流! 2013-09-21 02:03:12
崔永霞: 金币+1, 有帮助 2013-09-25 20:34:25
求助-基因克隆及引物设计的问题
http://muchong.com/html/201203/4208171.html
3楼2013-09-20 19:58:52
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15879003030

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
崔永霞: 金币+25, ★★★很有帮助 2013-09-21 17:00:34
我看看
262358773@qq.com

发你的序列 和你设计的引物来  顺便简单介绍下啦
4楼2013-09-20 22:13:45
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laojiu9878

至尊木虫 (文坛精英)

九牛

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
崔永霞: 金币+1, 有帮助 2013-09-22 14:28:53
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖交流! 2013-09-28 20:39:10
做简并引物,还是已经有序列直接扩;不同的注意点不同,要多考虑,或者查文献看别人是否设计过
但愿人长久
5楼2013-09-22 09:45:41
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iayala

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-09-22 11:38:10
崔永霞: 金币+1, 有帮助 2013-09-22 14:28:44
对不起,不是泼你冷水,你的问题应该是你的模板序列不对,不可能设计几次引物还扩增不出来的。你可以说的详细点,或者好好调研一下你的模板的亚型种类。
6楼2013-09-22 11:03:03
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by laojiu9878 at 2013-09-22 09:45:41
做简并引物,还是已经有序列直接扩;不同的注意点不同,要多考虑,或者查文献看别人是否设计过

已经有序列直接扩,不过是这个酶的cDNA序列,但是这个酶含有内含子,如果用cDNA序列直接设计引物的话,然后以基因组为模板进行扩增,是不是设计的引物有可能横跨内含子,这样的话直接设计引物是不是不可取啊?
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
7楼2013-09-22 14:26:11
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by iayala at 2013-09-22 11:03:03
对不起,不是泼你冷水,你的问题应该是你的模板序列不对,不可能设计几次引物还扩增不出来的。你可以说的详细点,或者好好调研一下你的模板的亚型种类。

cDNA序列应该是没有问题的,只是这酶有内含子,有没有什么方法可以扩增含内含子的酶啊,我做的这种植物的基因组到现在还没有发表过。
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
8楼2013-09-22 14:28:34
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 守望者047 at 2013-09-20 19:39:35
扩未知序列全长需要做race,需要设计很多对引物。如果目的序列是已知全长序列的一部分,可以把全长序列(或者Genebank登录号)和目的序列的范围传上来。

需要设计很多对引物是什么意思啊?
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
9楼2013-09-22 14:30:10
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lmcyjxs

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
崔永霞: 金币+1, 有帮助 2013-09-23 10:55:43
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-09-24 22:48:43
楼主说酶含有内含子??你是想说你要扩的基因含有内含子吧?假如你要扩的序列是已知的,即有完整的CDS区,那么,引物很好设计,直接CDS区两端写应该都可以扩出来的,如果你的是未知的,那么你就要做RACE,如楼上有朋友说的,多设计几个引物,可以设计简并引物,扩出部分序列后,做RACE扩全长。
你要扩含有内含子的基因,直接提取基因组扩不行么?
另外,建议楼主自己学习下引物设计,其实学会了就很简单的。加油!祝好!
思路决定出路。。。
10楼2013-09-22 21:19:07
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