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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 引物设计
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

[求助] 引物设计

我最近在做基因克隆的实验，设计了好几次引物都扩不出全长来，感觉快奔溃了，有没有哪位高手可以帮我设计对引物啊，可以的话我把基因序列发过去，拜托各位高手了。
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每个人都有心底最柔软的地方，请不要触碰它，因为每个人都有自己的尊严！
1楼 2013-09-20 17:17:52
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守望者047

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-09-20 19:57:27
崔永霞: 金币+1, ★有帮助 2013-09-22 14:29:51
扩未知序列全长需要做race，需要设计很多对引物。如果目的序列是已知全长序列的一部分，可以把全长序列（或者Genebank登录号）和目的序列的范围传上来。
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数往者顺，知来者逆！
2楼2013-09-20 19:39:35
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zhenwuhuang

至尊木虫 (文学泰斗)

【答案】应助回帖

★ ★
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gyesang: 金币+1, 鼓励回帖交流！ 2013-09-21 02:03:12
崔永霞: 金币+1, ★有帮助 2013-09-25 20:34:25
求助-基因克隆及引物设计的问题
http://muchong.com/html/201203/4208171.html
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3楼2013-09-20 19:58:52
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15879003030

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
崔永霞: 金币+25, ★★★很有帮助 2013-09-21 17:00:34
我看看
262358773@qq.com

发你的序列 和你设计的引物来  顺便简单介绍下啦
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4楼2013-09-20 22:13:45
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laojiu9878

至尊木虫 (文坛精英)

九牛

【答案】应助回帖

★ ★
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崔永霞: 金币+1, ★有帮助 2013-09-22 14:28:53
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖交流！ 2013-09-28 20:39:10
做简并引物，还是已经有序列直接扩；不同的注意点不同，要多考虑，或者查文献看别人是否设计过
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但愿人长久
5楼2013-09-22 09:45:41
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iayala

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
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kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-09-22 11:38:10
崔永霞: 金币+1, ★有帮助 2013-09-22 14:28:44
对不起，不是泼你冷水，你的问题应该是你的模板序列不对，不可能设计几次引物还扩增不出来的。你可以说的详细点，或者好好调研一下你的模板的亚型种类。
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6楼2013-09-22 11:03:03
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崔永霞

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by laojiu9878 at 2013-09-22 09:45:41
做简并引物，还是已经有序列直接扩；不同的注意点不同，要多考虑，或者查文献看别人是否设计过

已经有序列直接扩，不过是这个酶的cDNA序列，但是这个酶含有内含子，如果用cDNA序列直接设计引物的话，然后以基因组为模板进行扩增，是不是设计的引物有可能横跨内含子，这样的话直接设计引物是不是不可取啊？
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每个人都有心底最柔软的地方，请不要触碰它，因为每个人都有自己的尊严！
7楼2013-09-22 14:26:11
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崔永霞

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by iayala at 2013-09-22 11:03:03
对不起，不是泼你冷水，你的问题应该是你的模板序列不对，不可能设计几次引物还扩增不出来的。你可以说的详细点，或者好好调研一下你的模板的亚型种类。

cDNA序列应该是没有问题的，只是这酶有内含子，有没有什么方法可以扩增含内含子的酶啊，我做的这种植物的基因组到现在还没有发表过。
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每个人都有心底最柔软的地方，请不要触碰它，因为每个人都有自己的尊严！
8楼2013-09-22 14:28:34
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崔永霞

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 守望者047 at 2013-09-20 19:39:35
扩未知序列全长需要做race，需要设计很多对引物。如果目的序列是已知全长序列的一部分，可以把全长序列（或者Genebank登录号）和目的序列的范围传上来。

需要设计很多对引物是什么意思啊？
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每个人都有心底最柔软的地方，请不要触碰它，因为每个人都有自己的尊严！
9楼2013-09-22 14:30:10
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lmcyjxs

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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崔永霞: 金币+1, ★有帮助 2013-09-23 10:55:43
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2013-09-24 22:48:43
楼主说酶含有内含子？？你是想说你要扩的基因含有内含子吧？假如你要扩的序列是已知的，即有完整的CDS区，那么，引物很好设计，直接CDS区两端写应该都可以扩出来的，如果你的是未知的，那么你就要做RACE，如楼上有朋友说的，多设计几个引物，可以设计简并引物，扩出部分序列后，做RACE扩全长。
你要扩含有内含子的基因，直接提取基因组扩不行么？
另外，建议楼主自己学习下引物设计，其实学会了就很简单的。加油！祝好！
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思路决定出路。。。
10楼2013-09-22 21:19:07
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