| 查看: 3928 | 回复: 6 | |||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||||
hqc87铁虫 (小有名气)
|
[求助]
如何确定一个转录因子结合的特定DNA序列
|
||||
| 最近用酵母单杂筛出一个能结合于我的基因启动子的转录因子（该转录因子已知信息很少），并用Gap repair 验证该转录因子确实能结合于我的启动子上，我用于做酵母单杂的启动子长度是749bp，我的问题是如何找出这个转录因子结合在这749bp的哪几个特定碱基上？我也搜索了DNA footprinting 方法，感觉都是在验证蛋白于DNA的结合与否，如何测定结合部位的序列并没有太详细的参考资料。求做过此方面的同学、老师献谋献计，给出整体方案后，最好也提供详细的步骤，谢谢。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 核酸生物学实验经验 |
» 猜你喜欢
Wnt-C59：PORCN靶向化学探针，Wnt信号通路阻断机制与科研应用全解析
已经有0人回复
-
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有92人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
-
氢氧化钾活化操作
已经有18人回复
-
散金
已经有68人回复
-
生物质超级电容器
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如何查找一段基因序列的启动子？
已经有3人回复
- 如何确定一个基因转录本能不能表达蛋白？
已经有5人回复
- 怎么做基于KEGG的生物通路富集分析？
已经有9人回复
- 蛋白质功能表达和功能验证
已经有4人回复
- 如何查找一个蛋白DNA结合域的基因序列？
已经有4人回复
- 如何完整的研究一个基因的功能
已经有5人回复
- 查找基因的转录因子
已经有11人回复
- 如何查找一个基因的转录起始位点
已经有4人回复
- 关于转录因子调控的下游基因
已经有13人回复
- 【分享】〖名词解释〗生物化学名词解释
已经有14人回复
- 生物学软件介绍及其下载地址【学生物的会很有用】
已经有24人回复
凌波丽
专家顾问 (知名作家)
-
专家经验: +218 - MolEPI: 44
- 应助: 397 (硕士)
- 贵宾: 0.044
- 金币: 2119.9
- 散金: 10
- 红花: 209
- 帖子: 5633
- 在线: 571.6小时
- 虫号: 1766465
- 注册: 2012-04-19
- 性别: MM
- 专业: 生物大分子结构与功能
- 管辖: 生物科学综合
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-09-20 20:00:36
hqc87: 金币+10, 谢谢回复 2013-09-21 05:22:22
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2013-09-20 20:00:36
hqc87: 金币+10, 谢谢回复 2013-09-21 05:22:22
|
用 Chromatin Immunoprecipitation Assays能够直接 确定DNA与Protein相互作用的直接的结合的DNA片段。请见： Trygve O. Tollefsbol edits,Epigenetics Protocols(MMB-287)，Huamana Press,2004 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6383180 也就是ChIP。 |
5楼2013-09-20 11:54:22
凌波丽
专家顾问 (知名作家)
-
专家经验: +218 - MolEPI: 44
- 应助: 397 (硕士)
- 贵宾: 0.044
- 金币: 2119.9
- 散金: 10
- 红花: 209
- 帖子: 5633
- 在线: 571.6小时
- 虫号: 1766465
- 注册: 2012-04-19
- 性别: MM
- 专业: 生物大分子结构与功能
- 管辖: 生物科学综合
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2013-09-20 00:17:18
hqc87: 金币+5, 谢谢回复 2013-09-20 05:43:05
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2013-09-20 00:17:18
hqc87: 金币+5, 谢谢回复 2013-09-20 05:43:05
|
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6271476&authorid=1766465 请参考该贴的回答的第十楼，我写的回帖内容。愿意讨论我们继续讨论。 |
2楼2013-09-19 20:26:05
hqc87
铁虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1232.4
- 散金: 1198
- 红花: 1
- 帖子: 110
- 在线: 89.1小时
- 虫号: 867886
- 注册: 2009-10-10
- 专业: 植物生理与生化
|
看了您的回帖，感觉你确实熟悉很多技术，我很多都没有听说过，而且实验室条件也不允许。目前我的情况是转录因子是从商业转录因子库里筛出的，序列知道，但是BLAST后并没有太多信息都是uncharacterized protein，所以其功能未知，通过单杂确定其能结合到我的启动子上但是启动子太长，如何找到其结合的某几个特定碱基，貌似可以用DNA footprinting。我的问题是1.DNA 足迹法一般用较短的DNA序列，首先我的启动子750bp是不是需要用限制酶切成几个小片段再分别做？2.DNAase I处理跑胶后，和蛋白结合的DNA不被切割在胶上显示出空白区，仅看到有空白区不够啊，只能证明确实跟这个蛋白结合了，但是结合的特定部位的序列如何得知？ |
3楼2013-09-20 05:41:53
凌波丽
专家顾问 (知名作家)
-
专家经验: +218 - MolEPI: 44
- 应助: 397 (硕士)
- 贵宾: 0.044
- 金币: 2119.9
- 散金: 10
- 红花: 209
- 帖子: 5633
- 在线: 571.6小时
- 虫号: 1766465
- 注册: 2012-04-19
- 性别: MM
- 专业: 生物大分子结构与功能
- 管辖: 生物科学综合
4楼2013-09-20 11:34:22
10