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李菲琦

新虫 (初入文坛)

[求助] 进化树的数字文件怎么看?

在做序列进化树时,构建了树并且画了出来,但是
1)看不懂树的文件中冒号后边的数字代表什么?而括号是代表一个包含关系吗?节点又如何在该文件中看出来?比如-((A:0.229898 ,(B:0.185725 ,((C:0.142469 ,((D:0.111260 ,((E:0.083815 ,F:0.083815 )……
2)关于进化树的图形,节点处代表分叉的话,是否代表某个位置的氨基酸发生了变化?也就是后所那个位点是变异位点,而那些直线代表相同的氨基酸?可以直接这样子理解吗?
3)面对做大量多序列比对得到的树,如何根据树或其文件从而提取出某个分支中的所有样本?如下图中将序列分为3类,怎样分别提取出这三类中的样本。(样本数很少的时候当然可以手工,但是面对几百个样本该怎么办啊?)
进化树的数字文件怎么看?
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

引用回帖:
8楼: Originally posted by 李菲琦 at 2013-09-24 09:07:54
我想再请问一下,这个进化距离在图形中的表现是横着的长线支长呢,还是竖着的短线支长呢?...

in the example you provdied, it is the horizontal one. The vertical ones have no meanings at all.
9楼2013-09-24 18:01:42
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
李菲琦: 金币+45, ★★★★★最佳答案 2013-09-20 10:39:24
137167741: 金币+3, 鼓励交流~~ 2013-09-20 14:33:15
1.数字是进化关系,你可以去看下newick格式en.wikipedia.org/wiki/Newick_format‎
2.节点不说明任何问题,同一个节点下的只能说明他们进化距离近。2个完全相同的序列之间也可以有那个点,就是进化距离为0
3.根据newick格式,写代码解决。
2楼2013-09-20 06:19:50
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李菲琦

新虫 (初入文坛)


137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-09-20 14:33:33
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-09-20 06:19:50
1.数字是进化关系,你可以去看下newick格式en.wikipedia.org/wiki/Newick_format‎
2.节点不说明任何问题,同一个节点下的只能说明他们进化距离近。2个完全相同的序列之间也可以有那个点,就是进化距离为0
3 ...

太谢谢你了,原来是newick格式啊。。。找了好久都没有人给个关键的提示。。。。太谢谢啦。。。受教受教了。。。。
3楼2013-09-20 10:29:26
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

引用回帖:
3楼: Originally posted by 李菲琦 at 2013-09-20 10:29:26
太谢谢你了,原来是newick格式啊。。。找了好久都没有人给个关键的提示。。。。太谢谢啦。。。受教受教了。。。。...

这个是进化树里用的最多的格式了。
真要编程的话,就是计算(和)的个数,用stack先进后出

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4楼2013-09-21 00:23:14
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