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进化树的数字文件怎么看？
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在做序列进化树时，构建了树并且画了出来，但是 1）看不懂树的文件中冒号后边的数字代表什么？而括号是代表一个包含关系吗？节点又如何在该文件中看出来？比如-((A:0.229898 ,(B:0.185725 ,((C:0.142469 ,((D:0.111260 ,((E:0.083815 ,F:0.083815 )…… 2）关于进化树的图形，节点处代表分叉的话，是否代表某个位置的氨基酸发生了变化？也就是后所那个位点是变异位点，而那些直线代表相同的氨基酸？可以直接这样子理解吗？ 3）面对做大量多序列比对得到的树，如何根据树或其文件从而提取出某个分支中的所有样本？如下图中将序列分为3类，怎样分别提取出这三类中的样本。（样本数很少的时候当然可以手工，但是面对几百个样本该怎么办啊？）  1.png |
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9楼2013-09-24 18:01:42
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1.数字是进化关系，你可以去看下newick格式en.wikipedia.org/wiki/Newick_format 2.节点不说明任何问题，同一个节点下的只能说明他们进化距离近。2个完全相同的序列之间也可以有那个点，就是进化距离为0 3.根据newick格式，写代码解决。 |
2楼2013-09-20 06:19:50
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这个是进化树里用的最多的格式了。
李菲琦4楼2013-09-21 00:23:14