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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 进化树的数字文件怎么看？
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李菲琦

新虫 (初入文坛)

[求助] 进化树的数字文件怎么看？

在做序列进化树时，构建了树并且画了出来，但是
1）看不懂树的文件中冒号后边的数字代表什么？而括号是代表一个包含关系吗？节点又如何在该文件中看出来？比如-((A:0.229898 ,(B:0.185725 ,((C:0.142469 ,((D:0.111260 ,((E:0.083815 ,F:0.083815 )……
2）关于进化树的图形，节点处代表分叉的话，是否代表某个位置的氨基酸发生了变化？也就是后所那个位点是变异位点，而那些直线代表相同的氨基酸？可以直接这样子理解吗？
3）面对做大量多序列比对得到的树，如何根据树或其文件从而提取出某个分支中的所有样本？如下图中将序列分为3类，怎样分别提取出这三类中的样本。（样本数很少的时候当然可以手工，但是面对几百个样本该怎么办啊？）
进化树的数字文件怎么看？
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1楼 2013-09-19 11:33:28
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
李菲琦: 金币+45, ★★★★★最佳答案 2013-09-20 10:39:24
137167741: 金币+3, 鼓励交流~~ 2013-09-20 14:33:15
1.数字是进化关系，你可以去看下newick格式en.wikipedia.org/wiki/Newick_format‎
2.节点不说明任何问题，同一个节点下的只能说明他们进化距离近。2个完全相同的序列之间也可以有那个点，就是进化距离为0
3.根据newick格式，写代码解决。
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2楼2013-09-20 06:19:50
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李菲琦

新虫 (初入文坛)
★
137167741: 金币+1, 小木虫交流，共同进步~~ 2013-09-20 14:33:33
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2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-09-20 06:19:50
1.数字是进化关系，你可以去看下newick格式en.wikipedia.org/wiki/Newick_format‎
2.节点不说明任何问题，同一个节点下的只能说明他们进化距离近。2个完全相同的序列之间也可以有那个点，就是进化距离为0
3 ...

太谢谢你了，原来是newick格式啊。。。找了好久都没有人给个关键的提示。。。。太谢谢啦。。。受教受教了。。。。
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3楼2013-09-20 10:29:26
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wizardfan

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3楼: Originally posted by 李菲琦 at 2013-09-20 10:29:26
太谢谢你了，原来是newick格式啊。。。找了好久都没有人给个关键的提示。。。。太谢谢啦。。。受教受教了。。。。...

这个是进化树里用的最多的格式了。
真要编程的话，就是计算(和)的个数，用stack先进后出
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李菲琦
4楼2013-09-21 00:23:14
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李菲琦

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4楼: Originally posted by wizardfan at 2013-09-21 00:23:14
这个是进化树里用的最多的格式了。
真要编程的话，就是计算(和)的个数，用stack先进后出...

其实我还想问，newick格式中冒号后边的数字它说是分支距离，不懂这个数字是不是指树的图像中的每根支长的长度呢，与进化距离有什么关系啊？不好意思，菜鸟，之前看了一些书，总是摸不透。。。
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5楼2013-09-21 19:43:38
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wizardfan

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5楼: Originally posted by 李菲琦 at 2013-09-21 19:43:38
其实我还想问，newick格式中冒号后边的数字它说是分支距离，不懂这个数字是不是指树的图像中的每根支长的长度呢，与进化距离有什么关系啊？不好意思，菜鸟，之前看了一些书，总是摸不透。。。...

是长度，一般在图旁边都会有图例，告诉你单位长度代表多少分支距离。这个就是进化距离，数值小代表两个序列接近。
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李菲琦 李菲琦
6楼2013-09-22 08:07:27
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李菲琦

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6楼: Originally posted by wizardfan at 2013-09-22 08:07:27
是长度，一般在图旁边都会有图例，告诉你单位长度代表多少分支距离。这个就是进化距离，数值小代表两个序列接近。...

嗷嗷。。。。。我再看看相关的书。。。THX。。。
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7楼2013-09-22 09:09:15
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李菲琦

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6楼: Originally posted by wizardfan at 2013-09-22 08:07:27
是长度，一般在图旁边都会有图例，告诉你单位长度代表多少分支距离。这个就是进化距离，数值小代表两个序列接近。...

我想再请问一下，这个进化距离在图形中的表现是横着的长线支长呢，还是竖着的短线支长呢？
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8楼2013-09-24 09:07:54
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wizardfan

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8楼: Originally posted by 李菲琦 at 2013-09-24 09:07:54
我想再请问一下，这个进化距离在图形中的表现是横着的长线支长呢，还是竖着的短线支长呢？...

in the example you provdied, it is the horizontal one. The vertical ones have no meanings at all.
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9楼2013-09-24 18:01:42
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李菲琦

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by wizardfan at 2013-09-24 18:01:42
in the example you provdied, it is the horizontal one. The vertical ones have no meanings at all....

O(∩_∩)O~  懂了。。。。THX。。。
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10楼2013-09-26 10:12:56
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