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Voland

金虫 (小有名气)

[求助] MS-Sorption 模块模拟的FH势量子效应和μPT系综求助

大家好……本人使用MS-Sorption模块已经有一段时间……最近被两个问题卡住了,在这里提出来,希望能够得到各位高手的解答。
1. 77K下计算N2或者H2的吸附量(三原子模型),在低压(例如10^6 Kpa)出现比实验值偏大的情况,我觉得大概是没有考虑量子效应的原因,我听说Sorption似乎并不能做FH势的校正……但是又苦于不精确,想问一下有什么办法可以做到?(如果是调整Dreiding力场中函数表达式的话,我看了很久的文件还是没找到那个势能函数表达式在哪里……)如果Sorption不能做,那有什么比较容易学的软件能够针对量子效应做出校正?
2. 有一些结构会出现所谓Breathing的现象,即是在实验中会发生框架结构的有序形变,导致框架体积变化,这里如果按照Sorption所给的μVT巨正则系综来算,会有些不足。想请教一下,Sorption模块是否能做μPT系综?如果不行,是否是在得到一个吸附后的结构后,再使用Forcite使用分子动力学的方法计算μPT系综,最后得到结构再进行下一步的μVT巨正则MC模拟呢?
还望各位能予以回答,拜谢。
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Yağma!Yağma!Yağma!
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Voland

金虫 (小有名气)

引用回帖:
17楼: Originally posted by ghcacj at 2013-09-25 13:01:39
如果你只算一个晶胞,600万步足够了,可是你建立了超胞,那么现在一个超胞的吸附量是原来的四倍,那么就更难以稳定,所以3000万步以上是有必要的。至于你说的计算体系,据我了解是物理吸附都可以计算,我看过苯和噻 ...

多谢版主大人的回答。
首先想问一下超晶胞是不是比1×1×1更精确?如果不是,它有什么优势吗?
然后,我印象中,如果是溶剂体系,会不会因为忽略了溶剂效应直接采取真空情况下模拟而导致结果不可靠?
最后,我记得Sorption模块自带的函数是L-J-6-12函数,该函数的缺陷是只能对弱极性分子进行计算,换句话说例如SO2、CO等都不是非常合适。
Yağma!Yağma!Yağma!
18楼2013-09-25 13:37:22
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
Voland: 金币+3 2013-09-07 12:46:12
1.77K下,的确需要做量子修正,MS能不能做,我不知道。
2.不知道sorption中的fix pressure是不是等压系综?
好好学习,天天向上。
2楼2013-09-05 00:57:32
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Voland

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zyj8119 at 2013-09-05 00:57:32
1.77K下,的确需要做量子修正,MS能不能做,我不知道。
2.不知道sorption中的fix pressure是不是等压系综?

1. 这样啊……没关系……谢谢应助……
2. ……的确压力是不变的,但是这并不是μPT系综呢……至少体积是不变的,而我需要的是柔性的框架结构下的MC模拟……看到有文献用DL_POLY做了,所用的模拟为Gibbs Ensemble Monte Carlo模拟,能够动态地一边进行框架结构形状计算和吸附模拟。我想找的方法是……到底MS能不能做?如果不能,是不是我所猜想的那个比较麻烦的方法才能做呢?
P.S. GEMC模拟相关文献如附件。

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Yağma!Yağma!Yağma!
3楼2013-09-05 13:38:15
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1,FH在MS中做不了,不过将FH效应在LJ参数上体现可能可行,不过我没做过。
2,你说的这个系综我不确定是啥,如果是Gibbs MC,MS肯定做不了,这个据我所知,Towhee是可以做的。
4楼2013-09-06 17:26:15
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