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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS-Sorption 模块模拟的FH势量子效应和μPT系综求助
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Voland

金虫 (小有名气)

[求助] MS-Sorption 模块模拟的FH势量子效应和μPT系综求助

大家好……本人使用MS-Sorption模块已经有一段时间……最近被两个问题卡住了，在这里提出来，希望能够得到各位高手的解答。
1. 77K下计算N2或者H2的吸附量（三原子模型），在低压（例如10^6 Kpa）出现比实验值偏大的情况，我觉得大概是没有考虑量子效应的原因，我听说Sorption似乎并不能做FH势的校正……但是又苦于不精确，想问一下有什么办法可以做到？（如果是调整Dreiding力场中函数表达式的话，我看了很久的文件还是没找到那个势能函数表达式在哪里……）如果Sorption不能做，那有什么比较容易学的软件能够针对量子效应做出校正？
2. 有一些结构会出现所谓Breathing的现象，即是在实验中会发生框架结构的有序形变，导致框架体积变化，这里如果按照Sorption所给的μVT巨正则系综来算，会有些不足。想请教一下，Sorption模块是否能做μPT系综？如果不行，是否是在得到一个吸附后的结构后，再使用Forcite使用分子动力学的方法计算μPT系综，最后得到结构再进行下一步的μVT巨正则MC模拟呢？
还望各位能予以回答，拜谢。
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ghcacj ghcacj sunny11223

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Yağma！Yağma！Yağma！
1楼 2013-09-04 13:57:39
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
送红花一朵
引用回帖:
16楼: Originally posted by Voland at 2013-09-25 11:22:51
感谢您的回答，3000万步啊……我一般都600万步，而且版主大人，如果晶胞用2×2×1的超晶胞建模，600万步在我所算的MOF体系里面耗时会比较长……我想，是不是模拟中并不如实际测量一般，有接近60个点，而是相对来说 ...

如果你只算一个晶胞，600万步足够了，可是你建立了超胞，那么现在一个超胞的吸附量是原来的四倍，那么就更难以稳定，所以3000万步以上是有必要的。至于你说的计算体系，据我了解是物理吸附都可以计算，我看过苯和噻吩的分离等等，至于你说的非弱极性，可否举例？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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17楼2013-09-25 13:01:39
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Voland: 金币+3 2013-09-07 12:46:12
1.77K下，的确需要做量子修正，MS能不能做，我不知道。
2.不知道sorption中的fix pressure是不是等压系综？
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好好学习，天天向上。
2楼2013-09-05 00:57:32
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Voland

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zyj8119 at 2013-09-05 00:57:32
1.77K下，的确需要做量子修正，MS能不能做，我不知道。
2.不知道sorption中的fix pressure是不是等压系综？

1. 这样啊……没关系……谢谢应助……
2. ……的确压力是不变的，但是这并不是μPT系综呢……至少体积是不变的，而我需要的是柔性的框架结构下的MC模拟……看到有文献用DL_POLY做了，所用的模拟为Gibbs Ensemble Monte Carlo模拟，能够动态地一边进行框架结构形状计算和吸附模拟。我想找的方法是……到底MS能不能做？如果不能，是不是我所猜想的那个比较麻烦的方法才能做呢？
P.S. GEMC模拟相关文献如附件。
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Yağma！Yağma！Yağma！
3楼2013-09-05 13:38:15
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1，FH在MS中做不了，不过将FH效应在LJ参数上体现可能可行，不过我没做过。
2，你说的这个系综我不确定是啥，如果是Gibbs MC，MS肯定做不了，这个据我所知，Towhee是可以做的。
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4楼2013-09-06 17:26:15
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