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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS-Sorption 模块模拟的FH势量子效应和μPT系综求助
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Voland

金虫 (小有名气)

[求助] MS-Sorption 模块模拟的FH势量子效应和μPT系综求助

大家好……本人使用MS-Sorption模块已经有一段时间……最近被两个问题卡住了，在这里提出来，希望能够得到各位高手的解答。
1. 77K下计算N2或者H2的吸附量（三原子模型），在低压（例如10^6 Kpa）出现比实验值偏大的情况，我觉得大概是没有考虑量子效应的原因，我听说Sorption似乎并不能做FH势的校正……但是又苦于不精确，想问一下有什么办法可以做到？（如果是调整Dreiding力场中函数表达式的话，我看了很久的文件还是没找到那个势能函数表达式在哪里……）如果Sorption不能做，那有什么比较容易学的软件能够针对量子效应做出校正？
2. 有一些结构会出现所谓Breathing的现象，即是在实验中会发生框架结构的有序形变，导致框架体积变化，这里如果按照Sorption所给的μVT巨正则系综来算，会有些不足。想请教一下，Sorption模块是否能做μPT系综？如果不行，是否是在得到一个吸附后的结构后，再使用Forcite使用分子动力学的方法计算μPT系综，最后得到结构再进行下一步的μVT巨正则MC模拟呢？
还望各位能予以回答，拜谢。
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ghcacj ghcacj sunny11223

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Yağma！Yağma！Yağma！
1楼 2013-09-04 13:57:39
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sunny11223

铁杆木虫 (著名写手)
送红花一朵
请教LZ与ghcacj版主几个问题。
一，关于breathing的这种MOF吸附问题LZ最终选择了什么样的计算方法，是sorption+forcite?还是其他的方式？看到Jiang的文献中用到bigmac code+DL_POLY的方法，GEMC/MD 方法。我现在不确定单单从MS中的Sorption+forcite 能不能实现像文献中的这种模拟过程，请LZ指点。
第二个问题，关于MS（Sorption）。像一些气体在MOFs中吸附的文献，GCMC模拟过程用的是bigmac code，或music code这样，这个过程中吸附剂和吸附质的力场可以进行不同的选择，比如CH4可能会选择TraPPE，吸附剂选择UFF或者DREIDING。而对于sorption版块好像只能选择针对于吸附剂的一种力场，如果想用sorption来模拟GCMC的话，力场方面有什么好的办法，请LZ与ghcacj版主指点。
三，如果用MS中forcite模拟吸附剂框架breathing或者flexible的时候，是不是对sorption结束后的低能量构象拿去跑动力学，请问跑动力学的时候是直接拿这个构象跑NPT呢，还是把这个构象上下建上真空层（就是相当于把这个构象放在一盒子里）。这个动力学过程一般跑多长时间？
四，关于修改力场。因为是刚接触MS不久，对于力场修改一直觉得很复杂，请问修改力场参数的话是不是根据文献中所给出的吸附剂与吸附质分子，原子的L-J参数，在对应的力场中进行修改，然后把这个力场保存成其它力场（比如保存成UFF2），然后模拟过程中力场选择UFF2。请问是不是这样一个过程？
非常感谢！
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21楼2015-06-12 21:56:46
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Voland: 金币+3 2013-09-07 12:46:12
1.77K下，的确需要做量子修正，MS能不能做，我不知道。
2.不知道sorption中的fix pressure是不是等压系综？
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好好学习，天天向上。
2楼2013-09-05 00:57:32
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Voland

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zyj8119 at 2013-09-05 00:57:32
1.77K下，的确需要做量子修正，MS能不能做，我不知道。
2.不知道sorption中的fix pressure是不是等压系综？

1. 这样啊……没关系……谢谢应助……
2. ……的确压力是不变的，但是这并不是μPT系综呢……至少体积是不变的，而我需要的是柔性的框架结构下的MC模拟……看到有文献用DL_POLY做了，所用的模拟为Gibbs Ensemble Monte Carlo模拟，能够动态地一边进行框架结构形状计算和吸附模拟。我想找的方法是……到底MS能不能做？如果不能，是不是我所猜想的那个比较麻烦的方法才能做呢？
P.S. GEMC模拟相关文献如附件。
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Yağma！Yağma！Yağma！
3楼2013-09-05 13:38:15
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1，FH在MS中做不了，不过将FH效应在LJ参数上体现可能可行，不过我没做过。
2，你说的这个系综我不确定是啥，如果是Gibbs MC，MS肯定做不了，这个据我所知，Towhee是可以做的。
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4楼2013-09-06 17:26:15
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