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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS-Sorption 模块模拟的FH势量子效应和μPT系综求助
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Voland

金虫 (小有名气)

[求助] MS-Sorption 模块模拟的FH势量子效应和μPT系综求助

大家好……本人使用MS-Sorption模块已经有一段时间……最近被两个问题卡住了，在这里提出来，希望能够得到各位高手的解答。
1. 77K下计算N2或者H2的吸附量（三原子模型），在低压（例如10^6 Kpa）出现比实验值偏大的情况，我觉得大概是没有考虑量子效应的原因，我听说Sorption似乎并不能做FH势的校正……但是又苦于不精确，想问一下有什么办法可以做到？（如果是调整Dreiding力场中函数表达式的话，我看了很久的文件还是没找到那个势能函数表达式在哪里……）如果Sorption不能做，那有什么比较容易学的软件能够针对量子效应做出校正？
2. 有一些结构会出现所谓Breathing的现象，即是在实验中会发生框架结构的有序形变，导致框架体积变化，这里如果按照Sorption所给的μVT巨正则系综来算，会有些不足。想请教一下，Sorption模块是否能做μPT系综？如果不行，是否是在得到一个吸附后的结构后，再使用Forcite使用分子动力学的方法计算μPT系综，最后得到结构再进行下一步的μVT巨正则MC模拟呢？
还望各位能予以回答，拜谢。
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Yağma！Yağma！Yağma！
1楼 2013-09-04 13:57:39
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ghcacj

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阿超

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首先，你说的这个类似于接力的方法是可行的，并且很多时候的确是这么做，尤其在吸附量大的时候可以大量地节省时间。
其次你说的波动情况显然是你计算步数太少导致的，不知道你的体系是怎样的，选择的步数又是多少。根据我的经验，吸附量越大，计算所需的步数越多。比如一般的mof，3000万左右的步数可以很好的降低误差。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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sunny11223
15楼2013-09-25 10:47:56
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ghcacj

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阿超

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引用回帖:
16楼: Originally posted by Voland at 2013-09-25 11:22:51
感谢您的回答，3000万步啊……我一般都600万步，而且版主大人，如果晶胞用2×2×1的超晶胞建模，600万步在我所算的MOF体系里面耗时会比较长……我想，是不是模拟中并不如实际测量一般，有接近60个点，而是相对来说 ...

如果你只算一个晶胞，600万步足够了，可是你建立了超胞，那么现在一个超胞的吸附量是原来的四倍，那么就更难以稳定，所以3000万步以上是有必要的。至于你说的计算体系，据我了解是物理吸附都可以计算，我看过苯和噻吩的分离等等，至于你说的非弱极性，可否举例？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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17楼2013-09-25 13:01:39
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Voland: 金币+3 2013-09-07 12:46:12
1.77K下，的确需要做量子修正，MS能不能做，我不知道。
2.不知道sorption中的fix pressure是不是等压系综？
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好好学习，天天向上。
2楼2013-09-05 00:57:32
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Voland

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zyj8119 at 2013-09-05 00:57:32
1.77K下，的确需要做量子修正，MS能不能做，我不知道。
2.不知道sorption中的fix pressure是不是等压系综？

1. 这样啊……没关系……谢谢应助……
2. ……的确压力是不变的，但是这并不是μPT系综呢……至少体积是不变的，而我需要的是柔性的框架结构下的MC模拟……看到有文献用DL_POLY做了，所用的模拟为Gibbs Ensemble Monte Carlo模拟，能够动态地一边进行框架结构形状计算和吸附模拟。我想找的方法是……到底MS能不能做？如果不能，是不是我所猜想的那个比较麻烦的方法才能做呢？
P.S. GEMC模拟相关文献如附件。
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Yağma！Yağma！Yağma！
3楼2013-09-05 13:38:15
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ghcacj

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【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1，FH在MS中做不了，不过将FH效应在LJ参数上体现可能可行，不过我没做过。
2，你说的这个系综我不确定是啥，如果是Gibbs MC，MS肯定做不了，这个据我所知，Towhee是可以做的。
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4楼2013-09-06 17:26:15
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Voland

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ghcacj at 2013-09-06 17:26:15
1，FH在MS中做不了，不过将FH效应在LJ参数上体现可能可行，不过我没做过。
2，你说的这个系综我不确定是啥，如果是Gibbs MC，MS肯定做不了，这个据我所知，Towhee是可以做的。

非常感谢版主大人的应助，您之前有一个关于Sorption模块的系统解释让我获益匪浅。
1. 上交的孙淮教授在H2的吸附上有提到FH在LJ参数上的做法，不过我想我得数学能力过硬才能从那个多阶的微分方程中搞明白它到底应该怎么做。还想请问一下版主大人，您一般做MOFs之类的体系吸附，在H2的吸附上，是用的什么模型呢？
2. 非常感谢……不知道DL_POLY能不能做呢？和Towhee哪个上手更快一些？
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Yağma！Yağma！Yağma！
5楼2013-09-07 00:12:37
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ghcacj

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阿超

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
Voland: 金币+12, ★★★很有帮助 2013-09-07 12:46:00
1，我并没有做过低温下的H2吸附，如果是常温，FH效应可以忽略。MS做不了，不过MuSiC经过修改是可以做的。
2，DL_POLY没有深入用过，不过就MC方法而言，个人感觉Towhee更专业。
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6楼2013-09-07 07:57:54
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Voland

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ghcacj at 2013-09-07 07:57:54
1，我并没有做过低温下的H2吸附，如果是常温，FH效应可以忽略。MS做不了，不过MuSiC经过修改是可以做的。
2，DL_POLY没有深入用过，不过就MC方法而言，个人感觉Towhee更专业。

非常感谢……我会逐渐找时间把它们学会的……祝版主大人工作顺利。
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Yağma！Yağma！Yağma！
7楼2013-09-07 12:47:04
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longweig

金虫 (小有名气)
请问楼主，低温下的N2吸附设置是怎么样的呢？
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8楼2013-09-17 09:40:03
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Voland

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by longweig at 2013-09-17 09:40:03
请问楼主，低温下的N2吸附设置是怎么样的呢？

就是把温度那里改成77K啊……不过看起来MS没办法考虑量子效应了……所以低温并不是非常精确呢……
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ghcacj
Yağma！Yağma！Yağma！
9楼2013-09-17 13:45:53
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longweig

金虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by Voland at 2013-09-17 13:45:53
就是把温度那里改成77K啊……不过看起来MS没办法考虑量子效应了……所以低温并不是非常精确呢……...

确实是，结果总是不太准确，要不就出错
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10楼2013-09-20 09:44:41
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