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Voland

金虫 (小有名气)

[求助] MS-Sorption 模块模拟的FH势量子效应和μPT系综求助

大家好……本人使用MS-Sorption模块已经有一段时间……最近被两个问题卡住了,在这里提出来,希望能够得到各位高手的解答。
1. 77K下计算N2或者H2的吸附量(三原子模型),在低压(例如10^6 Kpa)出现比实验值偏大的情况,我觉得大概是没有考虑量子效应的原因,我听说Sorption似乎并不能做FH势的校正……但是又苦于不精确,想问一下有什么办法可以做到?(如果是调整Dreiding力场中函数表达式的话,我看了很久的文件还是没找到那个势能函数表达式在哪里……)如果Sorption不能做,那有什么比较容易学的软件能够针对量子效应做出校正?
2. 有一些结构会出现所谓Breathing的现象,即是在实验中会发生框架结构的有序形变,导致框架体积变化,这里如果按照Sorption所给的μVT巨正则系综来算,会有些不足。想请教一下,Sorption模块是否能做μPT系综?如果不行,是否是在得到一个吸附后的结构后,再使用Forcite使用分子动力学的方法计算μPT系综,最后得到结构再进行下一步的μVT巨正则MC模拟呢?
还望各位能予以回答,拜谢。
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ghcacj

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阿超

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首先,你说的这个类似于接力的方法是可行的,并且很多时候的确是这么做,尤其在吸附量大的时候可以大量地节省时间。
其次你说的波动情况显然是你计算步数太少导致的,不知道你的体系是怎样的,选择的步数又是多少。根据我的经验,吸附量越大,计算所需的步数越多。比如一般的mof,3000万左右的步数可以很好的降低误差。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

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15楼2013-09-25 10:47:56
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zyj8119

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
Voland: 金币+3 2013-09-07 12:46:12
1.77K下,的确需要做量子修正,MS能不能做,我不知道。
2.不知道sorption中的fix pressure是不是等压系综?
好好学习,天天向上。
2楼2013-09-05 00:57:32
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Voland

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zyj8119 at 2013-09-05 00:57:32
1.77K下,的确需要做量子修正,MS能不能做,我不知道。
2.不知道sorption中的fix pressure是不是等压系综?

1. 这样啊……没关系……谢谢应助……
2. ……的确压力是不变的,但是这并不是μPT系综呢……至少体积是不变的,而我需要的是柔性的框架结构下的MC模拟……看到有文献用DL_POLY做了,所用的模拟为Gibbs Ensemble Monte Carlo模拟,能够动态地一边进行框架结构形状计算和吸附模拟。我想找的方法是……到底MS能不能做?如果不能,是不是我所猜想的那个比较麻烦的方法才能做呢?
P.S. GEMC模拟相关文献如附件。

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3楼2013-09-05 13:38:15
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ghcacj

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阿超

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【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1,FH在MS中做不了,不过将FH效应在LJ参数上体现可能可行,不过我没做过。
2,你说的这个系综我不确定是啥,如果是Gibbs MC,MS肯定做不了,这个据我所知,Towhee是可以做的。
4楼2013-09-06 17:26:15
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