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emanlee木虫 (小有名气)
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从两个不同fasta文件中寻找不重复的序列
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题目：从两个不同fasta文件中寻找不重复的序列 第一个fasta文件aaa.fa中有40000条碱基序列或者氨基酸序列： >gi|118600994|ref|NM_001079530.1| Homo sapiens cripto, FRL-1, cryptic family 1B (CFC1B), mRNA ATGCCAAATACAGCCATGAAGAAAAAGGTGCTGCTGATGGGGAAGAGCGGGTCGGGGAAGACCAGCATGAGGTCGATAATCTT >gi|57863286|ref|NM_006570.4| Homo sapiens Ras-related GTP binding A (RRAGA), mRNA ACGCTCTACAAAGCCTGGTCCAGCATCGTCTACCAGCTGATTCCCAACGTTCAGCAGCTGGAGATGAACCTCAGGAATTTTG >gi|254587897|ref|NM_178495.5| Homo sapiens inositol 1,4,5-trisphosphate receptor CGCCAATTACATTGCTCGCGACACCCGGCGCCTGGGGGCCACCATTGACGTGGAACACTCCCACGTCCGATTCCTAGGGAACC >gi|191252813|ref|NM_001128635.1| Homo sapiens RIMS binding protein 3B (RIMBP3B), mRNA TGGTGCTGAACCTGTGGGACTGTGGCGGTCAGGACACCTTCATGGAAAATTACTTCACCAGCCAGCGAGACAATATCTTCCGTA >gi|61656209|ref|NM_001013355.1| Homo sapiens olfactory receptor, family 2, subfamily G, member 6 (OR2G6), mRNA ACGTGGAAGTTTTGATTTACGTGTTTGACGTGGAGAGCCGCGAACTGGAAAAGGACATGCATTATTACCAGTCGTGTCTGGAGG 第二个fasta文件bbb.fa中有40000条碱基序列或者氨基酸序列： >gi|83267870|ref|NM_080431.4| Homo sapiens actin-related protein T2 (ACTRT2), mRNA CCATCCTCCAGAACTCTCCTGACGCCAAAATCTTCTGCCTGGTGCACAAAATGGATCTGGTTCAGGAGGATCAGCGTGACCTGA >gi|53828675|ref|NM_001001923.1| Homo sapiens olfactory receptor, family 5, subfamily C, member 1 (OR5C1), mRNA TTTTTAAAGAGCGAGAGGAAGACCTGAGGCGTCTGTCTCGCCCGCTGGAGTGTGCTTGTTTTCGAACGTCCATCTGGGATGAG >gi|52627150|ref|NM_001005276.1| Homo sapiens olfactory receptor, family 2, subfamily AE, member 1 (OR2AE1), mRNA TTTTTAAAGAGCGAGAGGAAGACCTGAGGCGTCTGTCTCGCCCGCTGGAGTGTGCTTGTTTTCGAACGTCCATCTGGGATGAG >gi|61656211|ref|NM_001013357.1| Homo sapiens olfactory receptor, family 8, subfamily U, member 9 (OR8U9), mRNA ACGCTCTACAAAGCCTGGTCCAGCATCGTCTACCAGCTGATTCCCAACGTTCAGCAGCTGGAGATGAACCTCAGGAATTTTG >gi|51871366|ref|NM_001004124.1| Homo sapiens olfactory receptor, family 4, subfamily P, member 4 (OR4P4), mRNA ATGCCAAATACAGCCATGAAGAAAAAGGTGCTGCTGATGGGGAAGAGCGGGTCGGGGAAGACCAGCATGAGGTCGATAATCTT 我们想从第二个文件bbb.fa中找出与aaa.fa中的序列不overlapping的序列（overlap-ratio<0.8），请问如何使用blast比对？ 是否有现成的perl或者python，或者C代码可以直接使用？ |
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