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怡红痴子

金虫 (小有名气)

[求助] TA克隆,假阳性?假阴性?已有1人参与

楼主初学TA克隆,经过一翻坎坷之后,终于小有成果,但是最近遇到了一个新的问题。
我是做土壤细菌氨氧化基因的TA克隆,目的片段大概490bp,用的载体试剂盒是TAKARA的pMD18-T,将PCR产物16℃过夜连接后,转入80uL大肠杆菌DH5a感受态细胞中,LB液体37℃,200rpm摇1h后,离心浓缩至150uL菌液涂板(含100ug/mL氨苄),然后倒置37℃过夜培养(大约12h)。次日共挑取了78个单菌落分别接种到1mL氨苄LB液体培养基中37℃、200rpm培养12h,取1uL菌液进行PCR(采用M13-47和RV-M这对载体通用引物),但是菌液PCR验证结果只有29个阳性克隆,其中有一个还混入了空载体算是废掉了,只剩28个,可是78个只有28个是阳性,这比率也太小了点吧?
其他那49个没P出来的到底是氨苄筛选时的假阳性呢?还是菌液PCR时的假阴性?是不是我哪里没做好,请高人帮我分析一下原因,不胜感激!

PS:我同时做了阳性和阴性对照的,都很正常,阳性随机挑了9个菌落做PCR,验证结果都是阳性的

[ Last edited by 怡红痴子 on 2013-8-7 at 21:29 ]
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怡红痴子

金虫 (小有名气)

引用回帖:
14楼: Originally posted by swach at 2014-07-09 11:00:20
谢谢你,不过可不可以请你把Brown的文章题目给我一下呢?只有作者名字我不好检索,谢谢。...

Brown M.N., Briones A., Diana J., Raskin L. 2013. Ammonia-oxidizing archaea and nitrite-oxidizing nitrospiras in the biofilter of a shrimp recirculating aquaculture system. FEMS Microbiol Ecol 83: 17-25.
16楼2014-07-10 09:50:15
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cookee1981

银虫 (初入文坛)

怎么没有看到你在转化时的冰浴和热激这两步?
2楼2013-08-08 10:49:23
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怡红痴子

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cookee1981 at 2013-08-08 10:49:23
怎么没有看到你在转化时的冰浴和热激这两步?

这两步当然做了的,只是在贴子里省略没写
3楼2013-08-08 11:00:59
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-08-08 13:54:09
空载体也有氨苄抗性,所以抗性克隆不一定有insert,因此才要筛选。一般也不用筛那么多,用菌落PCR做十几个二十个就足够,把PCR阳性的克隆摇菌再提质粒做完整鉴定(通常还需要测序)后可以进行下一步克隆。一般做克隆阳性克隆的比例在50%以上,如果比例不是太低都是可以接受的。
4楼2013-08-08 11:35:15
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