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[求助]
大家不要歧视新手啊！！！！！问个分子模拟的小白问题
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新的不能再新的新手了！！！！ 看了几天DOCK,AUTODOCK之类的东西 原理就是小分子在靶标上以一种特定姿势结合起来。首先小分子根据形状，能量匹配原则在大分子表面寻找活性位点，然后再活性位点上，不同的构象中会有一种比较好的姿势是最优姿势。 我想问的是1：大分子的活性位点（binding site）是怎么知道的？？？？是不是就是小分子利用大分子表面的坑（口袋）去逐步寻找？？？那么这种寻找的算法有哪些？大概是什么原理？？ 2：找到活性结合位点后，然后就是构象搜索，有些算法如遗传算法，模拟退火算法就是用来搜索构象的？？？？通常说的打分函数（score function）就是指的给不同构象姿势打分的是吗？？？一开始是不是用比较粗糙的打分函数来过滤大量姿势取向，然后用比较精确，计算量大的打分函数来评价剩下的姿势？？？？那么这2种打分函数大概有哪些算法呢？？？？ 希望高手多多指教哈！！！！ |
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2楼2013-08-07 09:01:12
