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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 小白询问做用Gromacs做分子动力学，如何表征分子与分子之间的相互做用？
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xwmeng106

禁虫 (初入文坛)
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1楼 2012-05-04 10:50:38
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金虫 (小有名气)
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-05-11 14:10:28
指得是非键相互作用吧
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2楼2012-05-08 23:06:01
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金虫 (小有名气)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-05-09 09:09:15
可以修改自带力场里的atomtype，也可自己定义itp里面含[atomtype]
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3楼2012-05-08 23:08:14
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
就是???键相互作用???，范德???作用和???电作用???
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4楼2012-05-08 23:53:25
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xwmeng106

禁虫 (初入文坛)
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5楼2012-05-11 13:24:06
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金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-05-11 15:03:29
引用回帖:
5楼: Originally posted by xwmeng106 at 2012-05-11 13:24:06:
非常感谢你的回复，我的意思是如果构造好具体分子的模型，那不同种分子之间的LJ势能等在哪里去修改呢？我现在只是构造的是孤立的分子，但是不同种分子间势能等描述不知如何进行下去，非常感谢你的解答

在top/share目录下，找到相应力场的itp文件，在里面可以做修改。不过建议另外建立一个itp文件，来定义nonbond参数
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6楼2012-05-11 14:50:44
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