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汤tao

铜虫 (初入文坛)

[求助] RDF计算求助

我想用Materials Studio的Forcite计算原子X和分子Y之间的RDF,我的做法是打开模拟最后的轨迹文件.xtd(还是结构文件.xsd ?),选择所有的原子X(n>1)和分子Y(n>1), 然后进入Forcite<Analysis, 选择RDF, 然后点analysis进行计算,不知道这个方法对不对?新手学习,希望大家能给我些帮助,谢谢!
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好好努力
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

引用回帖:
3楼: Originally posted by 汤tao at 2013-08-07 16:31:05
谢谢你的回复!我勾选了include intra-intermolecular components和inclucd periodic self-interaction两个选项,最后获得的RDF曲线有九条,我想获得g(r)(a-b),我该选择哪一条呢?



20130807162812.jpg

12.jp ...

这个我就不知道了
inter分子间,intra分子内,我不知道g(r)(a-b)是指的什么

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#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2013-08-07 16:50:42
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
汤tao: 金币+20 2013-08-07 15:58:12
操作方法是对的

但不一定是得到你想要的结果,看你研究的是什么与什么的RDF
一般RDF是看某两种原子之间的RDF
比如有人想看O和H之间的RDF,看氢键存在的可能性
就得设定sets
将H和O分别设定为2个sets
然后计算

xtd文件我没试过,我只知道xsd是可以计算的
RDF计算求助
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2013-08-06 13:59:32
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汤tao

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2013-08-06 13:59:32
操作方法是对的

但不一定是得到你想要的结果,看你研究的是什么与什么的RDF
一般RDF是看某两种原子之间的RDF
比如有人想看O和H之间的RDF,看氢键存在的可能性
就得设定sets
将H和O分别设定为2个sets
然后计 ...

谢谢你的回复!我勾选了include intra-intermolecular components和inclucd periodic self-interaction两个选项,最后获得的RDF曲线有九条,我想获得g(r)(a-b),我该选择哪一条呢?
RDF计算求助-1


RDF计算求助-2


RDF计算求助-3
20130807162812.jpg


RDF计算求助-4
12.jpg

好好努力
3楼2013-08-07 16:31:05
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汤tao

铜虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2013-08-07 16:50:42
这个我就不知道了
inter分子间,intra分子内,我不知道g(r)(a-b)是指的什么...

我想知道的是a和b分子之间的RDF曲线,是应该选择inter(a-b)吧?
好好努力
5楼2013-08-07 16:58:45
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