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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » RDF计算求助
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汤tao

铜虫 (初入文坛)

[求助] RDF计算求助

我想用Materials Studio的Forcite计算原子X和分子Y之间的RDF，我的做法是打开模拟最后的轨迹文件.xtd（还是结构文件.xsd ?）,选择所有的原子X（n>1）和分子Y(n>1), 然后进入Forcite<Analysis, 选择RDF， 然后点analysis进行计算，不知道这个方法对不对？新手学习，希望大家能给我些帮助，谢谢！
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好好努力
1楼 2013-08-05 16:48:59
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
汤tao: 金币+20 2013-08-07 15:58:12
操作方法是对的

但不一定是得到你想要的结果，看你研究的是什么与什么的RDF
一般RDF是看某两种原子之间的RDF
比如有人想看O和H之间的RDF，看氢键存在的可能性
就得设定sets
将H和O分别设定为2个sets
然后计算

xtd文件我没试过，我只知道xsd是可以计算的
RDF计算求助
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2013-08-06 13:59:32
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汤tao

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2013-08-06 13:59:32
操作方法是对的

但不一定是得到你想要的结果，看你研究的是什么与什么的RDF
一般RDF是看某两种原子之间的RDF
比如有人想看O和H之间的RDF，看氢键存在的可能性
就得设定sets
将H和O分别设定为2个sets
然后计 ...

谢谢你的回复！我勾选了include intra-intermolecular components和inclucd periodic self-interaction两个选项，最后获得的RDF曲线有九条，我想获得g（r）(a-b),我该选择哪一条呢？
RDF计算求助-1


RDF计算求助-2


RDF计算求助-3
20130807162812.jpg


RDF计算求助-4
12.jpg
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好好努力
3楼2013-08-07 16:31:05
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
3楼: Originally posted by 汤tao at 2013-08-07 16:31:05
谢谢你的回复！我勾选了include intra-intermolecular components和inclucd periodic self-interaction两个选项，最后获得的RDF曲线有九条，我想获得g（r）(a-b),我该选择哪一条呢？



20130807162812.jpg

12.jp ...

这个我就不知道了
inter分子间，intra分子内，我不知道g（r）(a-b)是指的什么
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汤tao
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2013-08-07 16:50:42
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汤tao

铜虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2013-08-07 16:50:42
这个我就不知道了
inter分子间，intra分子内，我不知道g（r）(a-b)是指的什么...

我想知道的是a和b分子之间的RDF曲线，是应该选择inter（a-b）吧？
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好好努力
5楼2013-08-07 16:58:45
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
我觉得应该是那个inter的线

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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6楼2013-08-07 17:33:54
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