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[求助]
3‘s race PCR问题
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求助哪个伙伴帮分析，我的prog是 94C 3min 94 30s 55 30s 72 90s 72 3min 4 1min 然后开始是35循环，二次PCR是38循环，有很多杂带，有一条杂带1000多很亮，目的带没有（估计目的带为400） 然后听同学建议，二次PCR跑的55循环，还是很多杂带，仍一带带1000多很亮， 第三次实验，是一次PCR，45循环，仍杂带，目的带无，有一条1000多亮杂带。 求哪位大伙伴，小伙伴帮助！！！我是新虫，不懂还请指教 |
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cnliu51
金虫 (小有名气)
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【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2013-09-30 22:13:31
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2013-09-30 22:13:31
| 我做3'RACE时遇到过同样情况，建议先将最亮的那一条带切胶纯化然后测序。如果测序结果包含了你的已知序列，则用可根据得到新序列再设计out和inner引物进行二次3'RACE。原因：3RACE的反转录引物中含有polyT，如果3'端有富含A的序列（3'段这种序列较常见），则这一引物可能与其结合，产生的片段就不是真正的3'RACE，但已经接近了。产生这一现象的原因还有另外几方面可能：1.这个基因3'RACE预测长度不准，物种间同一基因的3'UTR不尽相同。2.这个基因的3'UTR存在多样性，这在基因中很常见，但国内做克隆时时常被忽略，这些不同长度的3'UTR可能与该基因的转录调控有关。不管是哪一种原因，先主带测序是个好的选择。 |
13楼2013-08-06 06:25:39
Fleaves
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2楼2013-08-04 01:30:36
Sthunder
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3楼2013-08-04 04:08:56
4楼2013-08-04 19:56:57