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熙玥

新虫 (初入文坛)

[求助] 全基因组的利用

现在我已经知道某一物种的全基因组，可是由于本人能力有限，实在不知道每个文件中的序列有什么区别，还有想找到一个基因的cDNA的全长，也不知道怎么利用这个基因组？文件夹名：物种拉丁名.genome.fa.gz -- Chromosome fasta files, with N's representing gaps;物种拉丁名.genome.cds.gz -- Transcript (cDNA) predictions. (Chromosome);物种拉丁名.genome.gff -- Gene annotation in GFF format. (Chromosome);物种拉丁名.genome.pep.iprscan.gene.GO.物种拉丁名genome.pep.iprscan.gene.ipr等。
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1楼 2013-08-02 22:47:39
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grape_vine

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
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熙玥: 金币+2 2013-11-01 21:55:24
Transcript (cDNA) predictions. (Chromosome); 就用这个文件, 然后最笨的办法就是用记事本打开,利用基因名字或者是一小段序列搜索.
其实现在测序了的基因组,一般都有专门的网站或者是集合了多种物种基因组的网站,网站同时提供了blast功能.找起来可能更方便.
提个建议,提问题的时候,其实你真没有必要隐藏物种的名字,如果有物种的名字,大家可能就直接给你提供网站或者是更详细的信息了.
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2楼2013-08-05 09:31:48
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熙玥

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by grape_vine at 2013-08-05 09:31:48
Transcript (cDNA) predictions. (Chromosome); 就用这个文件, 然后最笨的办法就是用记事本打开,利用基因名字或者是一小段序列搜索.
其实现在测序了的基因组,一般都有专门的网站或者是集合了多种物种基因组的网站, ...

谢谢，因为是新手，实在不知道哪些需要隐藏，哪些不用，这个物种是Prunus.mume
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3楼2013-11-01 21:57:22
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