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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气

[求助] 关于使载体平末端环化的问题

嗯...............好久木有冒泡,决定核潜艇上浮一番~
刚好实验也有点问题,想求助各位
具体情况如下:
需要构建一个新载体,想法是从现有载体上直接去除一部分序列就会成为我要的载体,所以采用PCR的方法,反向扩增了这个载体我需要的部分,然后用激酶处理这个线性片段后,想用连接酶环化此片段。
问题出现在:
需要的载体片段约有11kb左右,环化线性片段会非常困难,我试过几次均未成功,看有些资料显示,越长的片段可能形成多聚体的概率会越大。

想问一下是否能有什么添加剂或者方法之类的,促进长片段DNA的自我环化连接呢?
盼高手出现,给予指点。或大家集思广益,共同探讨,共同进步~
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Haibara_Ai

铜虫 (小有名气)

另外提醒一下
如果是AAAAAAAAAAABBBBBBBBBBBBBBBBBBBBCCCCCCCCCCCCCC
用AAAACCCCCCCCCCCCC作引物得话,最好确保AAAA部分退火温度不会太高,
有些聚合酶会在AAAACCCCCCCCCCCCC
   AAAAAAAAAAAAABBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
这种Aneal情况下,把引物3‘端mismatch部分切掉,然后开始PCR,就把模板P出来了。。  当然无论怎么样,这种在产物中一般都是少数。
6楼2013-07-31 20:41:27
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Haibara_Ai

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2013-07-31 14:08:00
atlanticwi: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 gibson assembly应该是个好办法 2013-08-02 12:26:06
如果一定要这么做,可以尝试2000000U/ml的T4ligase或者Blunt/TA Ligase Master Mix之类的。

其实为啥不设计一段overlap呢,然后直接转就行了(就如同定点突变)。   如果BsaI或者同类酶对你的质粒适用,也可以用这种酶切连接完成(产物是没有酶切位点的)
2楼2013-07-31 12:20:20
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Haibara_Ai

铜虫 (小有名气)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-07-31 22:20:31
另外overlap PCR之后如果怕效率不够高(overlap的方法毕竟有nick,而且),也可以尝试类似gibson assembly的方法吧。。 不过这个我本人没试过,一般直接转效率就很满意了。。
3楼2013-07-31 12:26:04
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气

引用回帖:
3楼: Originally posted by Haibara_Ai at 2013-07-31 12:26:04
另外overlap PCR之后如果怕效率不够高(overlap的方法毕竟有nick,而且),也可以尝试类似gibson assembly的方法吧。。 不过这个我本人没试过,一般直接转效率就很满意了。。

抱歉 我不太明白 若Overlap PCR 我怎么可以形成环化分子?以供我转化?若是用gibson assembly似的方法 我倒可以理解 但这种应该是类似于重组的方式是需要PCR产物两端都有一定的特定序列吧,我的载体只需要去除一部分已有序列,引入特定的序列是不可行的。

高浓度的T4 Ligase我倒是考虑过 但是手上木有现货...................
谢谢指教 希望进一步共同探讨~
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4楼2013-07-31 13:20:31
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