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古木天恕

木虫 (正式写手)

[求助] 菌悬液中不同菌的定量分析

我有一份混菌的发酵液(植物乳杆菌,短乳杆菌,肠膜明串珠菌,干酪乳杆菌),我想在培养一段时间后,检测他们含量的变化,有什么比较好的办法?最好简单些,成本低些。谢谢
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cauxiaobear

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
实时荧光定量PCR?
2楼2013-07-30 16:19:57
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youyou8285

铁虫 (初入文坛)

★ ★ ★
zhang8826857: 金币+3, 鼓励新虫 2013-07-30 18:24:14
用微生物群落的T-RFLP、DGGE、16SRT-PCR应该都可以做到,但是要求简单成本低的话 如果菌落形态不同 不知道CFU可不可行
3楼2013-07-30 16:21:33
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hnhn66

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
DGGE 微生物群落结构分析 可以定性 定量个人感觉不是很准
4楼2013-07-31 08:43:18
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圣迭戈

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我觉得得看你要选几个时间点,如果只是两三个的话可以做16S的克隆文库来确定各个菌株的比例,花费主要是测序费,但操作简单,不占用太多时间。
如果时间点多一些的话可能定量PCR更适合,放到文章里面也更有说服力。但你需要分别用不同的引物,得自己设计或者是查文献确认。
DGGE的话如果你以前做过那可以,没做过的话不太推荐,因为定量不太好,而且操作不容易。
T-RFLP也不错,如果自己没有仪器的话得送到外面公司做,你可以跟公司沟通一下,他们会给你一些建议。
5楼2013-07-31 09:48:23
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古木天恕

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 圣迭戈 at 2013-07-31 09:48:23
我觉得得看你要选几个时间点,如果只是两三个的话可以做16S的克隆文库来确定各个菌株的比例,花费主要是测序费,但操作简单,不占用太多时间。
如果时间点多一些的话可能定量PCR更适合,放到文章里面也更有说服力。 ...

以前做过DGGE,但我一直以为那个只能定性······
T-RFLP如果送到外边做 大概一次多少钱呢?
6楼2013-07-31 15:12:56
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见神一笑

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
定量的话,最好的是用实时定量PCR,花费也不多。再就是用T-RFLP,16S 文库也可以,不过测序花费比较多,DGGE就算了,做起来又麻烦又不准确
好好努力
7楼2013-08-01 10:01:06
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圣迭戈

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 古木天恕 at 2013-07-31 15:12:56
以前做过DGGE,但我一直以为那个只能定性······
T-RFLP如果送到外边做 大概一次多少钱呢?...

DGGE要算的话算半定量,可以根据条带深浅估计丰度,但很不靠谱,还是别用了。
T-RFLP我没送到外面做过,价格的话你随便打个电话去了解一下就行了,各个公司应该都差不多。
8楼2013-08-01 13:42:43
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