应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于GROMACS模拟蛋白质的重复性
51/1返回列表
查看: 1199  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

sunnylfq

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于GROMACS模拟蛋白质的重复性

对象是酶（不到700个氨基酸）与底物小分子的结合体
手动在二者之间添加共价键，通过MD观察小分子与活性位点间是否形成预测的氢键。

问题是：MD跑了2次，各20ns，一次出现氢键，一次没有。是GROMACS-MD的重复性不好么？

看文献里用AMBER跑蛋白质，模拟结构和晶体结构的RMSD才不到1A，但是GROMACS跑的话一般都是2~3A，是GROMACS自己的问题么？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MDs-Gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2013-07-17 16:24:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunnylfq

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dubo at 2013-07-17 19:44:02
你是用的sd跑的？每次的初始态都一样么？（初始速度是随机生成的？）

如果你用的积分算法是md,而且每次运行时初始速度都相同（都设置为0，或者输入一个初始速度），那么gromacs-md抛出的结果严格一样。

如果是 ...

我仔细看了下mdp文件。
整个模拟过程包含EM，6次NVT模拟（从50到300K升温），一次NPT模拟，一次MD。

所有过程用的积分器都是md。但是NVT采用麦克斯韦分布随机生成初速度，NPT和MD用的是gen_vel=no.

这样的话，其实整个过程还是受到随机初速度的影响吧？
如果要得到精确重复性结果，NVT/NPT/MD都要设置gen_vel=no是么？
赞一下 回复此楼
3楼2013-07-18 11:35:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答

dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-07-18 16:16:58
sunnylfq: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-07-19 08:59:39
你是用的sd跑的？每次的初始态都一样么？（初始速度是随机生成的？）

如果你用的积分算法是md,而且每次运行时初始速度都相同（都设置为0，或者输入一个初始速度），那么gromacs-md抛出的结果严格一样。

如果是做平行样本的话，建议多做几组，可以适当的延长模拟时间
赞一下 回复此楼
2楼2013-07-17 19:44:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿山东大学药学学硕求调剂 +3 开开心心没烦恼 2026-03-23 4/200 2026-03-24 00:06 by 开开心心没烦恼
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +17 chaojifeixia 2026-03-19 19/950 2026-03-23 23:26 by 呆呆师姐
[考研] 265求调剂 +10 梁梁校校 2026-03-17 10/500 2026-03-23 21:17 by 一切OK
[考研] 316求调剂 +7 梁茜雯 2026-03-19 7/350 2026-03-23 16:21 by lingjue
[考研] 306求调剂 +9 chuanzhu川烛 2026-03-18 9/450 2026-03-23 13:17 by luoyongfeng
[考研] 一志愿西安交通大学材料工程专业 282分求调剂 +11 枫桥ZL 2026-03-18 13/650 2026-03-22 20:26 by edmund7
[考研] 354求调剂 +7 Tyoumou 2026-03-18 10/500 2026-03-22 11:11 by 人来盛
[考研] 085600材料与化工306 +4 z1z2z3879 2026-03-21 4/200 2026-03-21 23:44 by ms629
[考研] 求调剂 +6 Mqqqqqq 2026-03-19 6/300 2026-03-21 08:04 by JourneyLucky
[考研] 南昌大学材料专硕311分求调剂 +6 77chaselx 2026-03-20 6/300 2026-03-21 07:24 by JourneyLucky
[考研] 一志愿天津大学化学工艺专业（081702）315分求调剂 +12 yangfz 2026-03-17 12/600 2026-03-21 03:30 by JourneyLucky
[考研] 307求调剂 +3 wyyyqx 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:20 by JourneyLucky
[考研] 化学求调剂 +4 临泽境llllll 2026-03-17 5/250 2026-03-21 02:23 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 Ma_xt 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:05 by JourneyLucky
[考研] 321求调剂 +9 何润采123 2026-03-18 11/550 2026-03-20 23:19 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂 +8 小材化本科 2026-03-18 8/400 2026-03-20 23:16 by JourneyLucky
[考研] 求调剂，一志愿:南京航空航天大学大学 ，080500材料科学与工程学硕，总分289分 +4 @taotao 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:14 by JourneyLucky
[考研] 招收调剂硕士 +4 lidianxing 2026-03-19 12/600 2026-03-20 12:25 by lidianxing
[考研] 生物学调剂招人！！！ +3 山海天岚 2026-03-17 4/200 2026-03-19 21:34 by 怎么释怀
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭