应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于GROMACS模拟蛋白质的重复性
31/1返回列表
查看: 1322  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

sunnylfq

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于GROMACS模拟蛋白质的重复性

对象是酶（不到700个氨基酸）与底物小分子的结合体
手动在二者之间添加共价键，通过MD观察小分子与活性位点间是否形成预测的氢键。

问题是：MD跑了2次，各20ns，一次出现氢键，一次没有。是GROMACS-MD的重复性不好么？

看文献里用AMBER跑蛋白质，模拟结构和晶体结构的RMSD才不到1A，但是GROMACS跑的话一般都是2~3A，是GROMACS自己的问题么？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MDs-Gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2013-07-17 16:24:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-07-18 16:16:58
sunnylfq: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-07-19 08:59:39
你是用的sd跑的？每次的初始态都一样么？（初始速度是随机生成的？）

如果你用的积分算法是md,而且每次运行时初始速度都相同（都设置为0，或者输入一个初始速度），那么gromacs-md抛出的结果严格一样。

如果是做平行样本的话，建议多做几组，可以适当的延长模拟时间
赞一下 回复此楼
2楼2013-07-17 19:44:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunnylfq

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dubo at 2013-07-17 19:44:02
你是用的sd跑的？每次的初始态都一样么？（初始速度是随机生成的？）

如果你用的积分算法是md,而且每次运行时初始速度都相同（都设置为0，或者输入一个初始速度），那么gromacs-md抛出的结果严格一样。

如果是 ...

我仔细看了下mdp文件。
整个模拟过程包含EM，6次NVT模拟（从50到300K升温），一次NPT模拟，一次MD。

所有过程用的积分器都是md。但是NVT采用麦克斯韦分布随机生成初速度，NPT和MD用的是gen_vel=no.

这样的话，其实整个过程还是受到随机初速度的影响吧？
如果要得到精确重复性结果，NVT/NPT/MD都要设置gen_vel=no是么？
赞一下 回复此楼
3楼2013-07-18 11:35:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sunnylfq 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +5 雨打竹帘 2026-08-30 9/450 2026-08-30 22:23 by 余韵清
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 4FFAWE8HcgUD 2026-08-29 4/200 2026-08-30 20:40 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 4FFAWE8HcgUD 2026-08-29 3/150 2026-08-30 20:19 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 AVl0JAsg9hyo 2026-08-29 5/250 2026-08-30 19:57 by hZiFeudZyoGR
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 5/250 2026-08-30 19:46 by hZiFeudZyoGR
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 4/200 2026-08-30 19:13 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 6/300 2026-08-30 19:02 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 5/250 2026-08-30 18:51 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 5/250 2026-08-30 18:40 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 18:20 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 17:45 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 11/550 2026-08-30 17:34 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 10/500 2026-08-30 17:33 by hZiFeudZyoGR
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 8/400 2026-08-30 12:03 by l0VvVHGBGRLv
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭