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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于GROMACS模拟蛋白质的重复性
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sunnylfq

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于GROMACS模拟蛋白质的重复性

对象是酶（不到700个氨基酸）与底物小分子的结合体
手动在二者之间添加共价键，通过MD观察小分子与活性位点间是否形成预测的氢键。

问题是：MD跑了2次，各20ns，一次出现氢键，一次没有。是GROMACS-MD的重复性不好么？

看文献里用AMBER跑蛋白质，模拟结构和晶体结构的RMSD才不到1A，但是GROMACS跑的话一般都是2~3A，是GROMACS自己的问题么？
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1楼 2013-07-17 16:24:49
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dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-07-18 16:16:58
sunnylfq: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-07-19 08:59:39
你是用的sd跑的？每次的初始态都一样么？（初始速度是随机生成的？）

如果你用的积分算法是md,而且每次运行时初始速度都相同（都设置为0，或者输入一个初始速度），那么gromacs-md抛出的结果严格一样。

如果是做平行样本的话，建议多做几组，可以适当的延长模拟时间
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2楼2013-07-17 19:44:02
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sunnylfq

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dubo at 2013-07-17 19:44:02
你是用的sd跑的？每次的初始态都一样么？（初始速度是随机生成的？）

如果你用的积分算法是md,而且每次运行时初始速度都相同（都设置为0，或者输入一个初始速度），那么gromacs-md抛出的结果严格一样。

如果是 ...

我仔细看了下mdp文件。
整个模拟过程包含EM，6次NVT模拟（从50到300K升温），一次NPT模拟，一次MD。

所有过程用的积分器都是md。但是NVT采用麦克斯韦分布随机生成初速度，NPT和MD用的是gen_vel=no.

这样的话，其实整个过程还是受到随机初速度的影响吧？
如果要得到精确重复性结果，NVT/NPT/MD都要设置gen_vel=no是么？
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3楼2013-07-18 11:35:13
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