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关于GROMACS模拟蛋白质的重复性
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对象是酶（不到700个氨基酸）与底物小分子的结合体 手动在二者之间添加共价键，通过MD观察小分子与活性位点间是否形成预测的氢键。 问题是：MD跑了2次，各20ns，一次出现氢键，一次没有。是GROMACS-MD的重复性不好么？ 看文献里用AMBER跑蛋白质，模拟结构和晶体结构的RMSD才不到1A，但是GROMACS跑的话一般都是2~3A，是GROMACS自己的问题么？ |
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 MDs-Gromacs |
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