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sunnylfq

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于GROMACS模拟蛋白质的重复性

对象是酶(不到700个氨基酸)与底物小分子的结合体
手动在二者之间添加共价键,通过MD观察小分子与活性位点间是否形成预测的氢键。

问题是:MD跑了2次,各20ns,一次出现氢键,一次没有。是GROMACS-MD的重复性不好么?

看文献里用AMBER跑蛋白质,模拟结构和晶体结构的RMSD才不到1A,但是GROMACS跑的话一般都是2~3A,是GROMACS自己的问题么?
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dubo

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-07-18 16:16:58
sunnylfq: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-07-19 08:59:39
你是用的sd跑的?每次的初始态都一样么?(初始速度是随机生成的?)

如果你用的积分算法是md,而且每次运行时初始速度都相同(都设置为0,或者输入一个初始速度),那么gromacs-md抛出的结果严格一样。

如果是做平行样本的话,建议多做几组,可以适当的延长模拟时间
2楼2013-07-17 19:44:02
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sunnylfq

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dubo at 2013-07-17 19:44:02
你是用的sd跑的?每次的初始态都一样么?(初始速度是随机生成的?)

如果你用的积分算法是md,而且每次运行时初始速度都相同(都设置为0,或者输入一个初始速度),那么gromacs-md抛出的结果严格一样。

如果是 ...

我仔细看了下mdp文件。
整个模拟过程包含EM,6次NVT模拟(从50到300K升温),一次NPT模拟,一次MD。

所有过程用的积分器都是md。但是NVT采用麦克斯韦分布随机生成初速度,NPT和MD用的是gen_vel=no.

这样的话,其实整个过程还是受到随机初速度的影响吧?
如果要得到精确重复性结果,NVT/NPT/MD都要设置gen_vel=no是么?
3楼2013-07-18 11:35:13
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