应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于GROMACS模拟蛋白质的重复性
31/1返回列表
查看: 1197  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

sunnylfq

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于GROMACS模拟蛋白质的重复性

对象是酶（不到700个氨基酸）与底物小分子的结合体
手动在二者之间添加共价键，通过MD观察小分子与活性位点间是否形成预测的氢键。

问题是：MD跑了2次，各20ns，一次出现氢键，一次没有。是GROMACS-MD的重复性不好么？

看文献里用AMBER跑蛋白质，模拟结构和晶体结构的RMSD才不到1A，但是GROMACS跑的话一般都是2~3A，是GROMACS自己的问题么？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MDs-Gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2013-07-17 16:24:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dubo

金虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-07-18 16:16:58
sunnylfq: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-07-19 08:59:39
你是用的sd跑的？每次的初始态都一样么？（初始速度是随机生成的？）

如果你用的积分算法是md,而且每次运行时初始速度都相同（都设置为0，或者输入一个初始速度），那么gromacs-md抛出的结果严格一样。

如果是做平行样本的话，建议多做几组，可以适当的延长模拟时间
赞一下 回复此楼
2楼2013-07-17 19:44:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunnylfq

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dubo at 2013-07-17 19:44:02
你是用的sd跑的？每次的初始态都一样么？（初始速度是随机生成的？）

如果你用的积分算法是md,而且每次运行时初始速度都相同（都设置为0，或者输入一个初始速度），那么gromacs-md抛出的结果严格一样。

如果是 ...

我仔细看了下mdp文件。
整个模拟过程包含EM，6次NVT模拟（从50到300K升温），一次NPT模拟，一次MD。

所有过程用的积分器都是md。但是NVT采用麦克斯韦分布随机生成初速度，NPT和MD用的是gen_vel=no.

这样的话，其实整个过程还是受到随机初速度的影响吧？
如果要得到精确重复性结果，NVT/NPT/MD都要设置gen_vel=no是么？
赞一下 回复此楼
3楼2013-07-18 11:35:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sunnylfq 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 299求调剂 +5 某某某某位 2026-03-21 5/250 2026-03-23 23:36 by 热情沙漠
[考研] 一志愿华东理工大学081700，初试分数271 +4 kotoko_ik 2026-03-23 5/250 2026-03-23 23:23 by 呆呆师姐
[论文投稿] 急发核心期刊论文 +3 贤达问津 2026-03-23 5/250 2026-03-23 17:13 by 妹子不好惹
[考研] 291 求调剂 +4 化工2026届毕业� 2026-03-21 5/250 2026-03-23 16:46 by 化工2026届毕业�
[考研] 323求调剂 +6 洼小桶 2026-03-18 6/300 2026-03-23 00:29 by king123！
[考研] 307求调剂 +11 冷笙123 2026-03-17 11/550 2026-03-22 20:16 by edmund7
[考研] 求调剂一志愿海大，0703化学学硕304分，有大创项目，四级已过 +6 幸运哩哩 2026-03-22 10/500 2026-03-22 20:10 by edmund7
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +11 梨花珞晚风 2026-03-17 11/550 2026-03-22 17:42 by luoyongfeng
[考研] 319求调剂 +4 小力气珂珂 2026-03-20 4/200 2026-03-22 15:53 by ColorlessPI
[考研] 275求调剂 +6 shansx 2026-03-22 8/400 2026-03-22 15:27 by barlinike
[考研] 318求调剂 +4 plum李子 2026-03-21 7/350 2026-03-22 14:17 by ColorlessPI
[考研] 286求调剂 +10 Faune 2026-03-21 10/500 2026-03-21 23:34 by 314126402
[考研] 初试 317 +7 半拉月丙 2026-03-20 7/350 2026-03-21 22:26 by peike
[考研] 一志愿东华大学控制学硕320求调剂 +3 Grand777 2026-03-21 3/150 2026-03-21 19:23 by 简之-
[考研] 303求调剂 +5 睿08 2026-03-17 7/350 2026-03-21 03:11 by JourneyLucky
[考研] 324分 085600材料化工求调剂 +4 llllkkkhh 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:24 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 阿姐阿姐家啊 2026-03-18 3/150 2026-03-20 23:24 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +9 Doleres 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:36 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 @taotao 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 6/300 2026-03-18 22:55 by 204818@lcx
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭