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PCR 间隔的重复序列缺失
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zz418841988
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PCR 间隔的重复序列缺失
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基因全长942bp,在克隆载体中测序完全正确 ,设计引物PCR扩全长换载体时有缺失:
(2处20bp的重复序列间隔41个碱基),送测了多个样品测序,都是同样的缺失,缺失了61个碱基,缺失了一个重复序列和其中间隔的41个碱基。希望有高手指点,谢谢!
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1楼
2013-07-17 10:35:02
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zz418841988
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7楼
:
Originally posted by
gyesang
at 2013-07-17 16:02:32
这个问题,似乎无解,我曾经通过PCR扩增SV40启动子,SV40启动子里面有两个72bp增强子的正向重复,无论怎么扩,就是丢失一个72bp拷贝,这个问题我实验室其他人也碰到过,至今找不到解决的办法,似乎我们需要对PCR的 ...
谢谢分享,
这条序列我一共送测了10个克隆,有2个克隆是没有缺失的,其余8个缺失了同样的碱基。可能PCR扩增确实有时产生了跳跃,只是不知道其机理是什么样的。
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8楼
2013-07-17 21:19:48
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shanqian1988
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2013-07-17 11:53:19
同时送个克隆载体的质粒测序看看吧,我觉得是不是模板搞错了?
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2楼
2013-07-17 11:08:16
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zz418841988
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2楼
:
Originally posted by
shanqian1988
at 2013-07-17 11:08:16
同时送个克隆载体的质粒测序看看吧,我觉得是不是模板搞错了?
谢谢回复,模板没有搞错,这一点可以肯定;我已经两次碰到同样的问题了,都是缺失了一个重复序列和其中的间隔序列。我用的是DNA polymerase .
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3楼
2013-07-17 12:02:59
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huanghznd
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kx444555: 金币+1, 鼓励交流
2013-07-17 13:50:41
建议把原始的测序序列再重新测序验证下下。
另外如果不好扩增,那可以多抽点质粒直接用双酶切,再跟别外一个载体连连呗,最多是费点酶。也不用那么纠结
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4楼
2013-07-17 12:50:24
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