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guomimi

新虫 (小有名气)

[求助] PCR问题

模板取1.5ul,822bp.实验中PCR温度是58-63摄氏度,但是电泳后结果不仅有杂带而且带都大于1000bp了,这是怎么回事呢?应该怎么得到想要的带呢?
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yb19841014

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 鼓励发帖积极交流,分子生物期待你更多精彩 2013-07-11 19:49:11
模板少加点。减少延伸时间。从56到72度做退火梯度
2楼2013-07-11 19:28:03
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小乖_1990

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, Gifts of roses, there are lingering fragrance. Look forward to your wonderful and more detailed answer. 2013-07-11 19:48:57
我看这不是模板和退火温度的问题,是你的引物有问题吧,建议重新设计引物
走自己的路,让别人羡慕嫉妒恨去吧!!!
3楼2013-07-11 19:47:12
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武穆大成

木虫 (著名写手)

笨蛋

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
guomimi(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-07-19 00:39:24
有可能会模板的特异性不高,也可能是引物的问题。。建议做对照改进
4楼2013-07-11 20:18:50
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guomimi

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yb19841014 at 2013-07-11 19:28:03
模板少加点。减少延伸时间。从56到72度做退火梯度

谢谢,下午做出来了,重新换的酶,没有用MIX。
5楼2013-07-11 20:42:52
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guomimi

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 武穆大成 at 2013-07-11 20:18:50
有可能会模板的特异性不高,也可能是引物的问题。。建议做对照改进

谢谢
6楼2013-07-11 20:44:06
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guomimi

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 武穆大成 at 2013-07-11 20:18:50
有可能会模板的特异性不高,也可能是引物的问题。。建议做对照改进

谢谢
7楼2013-07-11 20:46:19
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异性扩增带与非特异性扩增带,其原因与对策如下:
一.引物与靶序列不完全互补、 或引物聚合形成二聚体。对策:重新设计引物。
二.Mg2+ 离子浓度过高、退火温度过低,及PCR循环次数 过多有关。其次是酶的质和量,往往一些来源的酶易出现非特异条带而另一来源的酶 则不出现,酶量过多有时也会出现非特异性扩增。其对策有:必要时重新设计引物;减低酶量或调换另一来源的酶;降低引物量,适当增加模板量,减少循环次 数。适当提高退火温度。
三.靶序列或扩增产物的交叉污染:这种污染有两种原因:1.整个基因组或大片段的交叉污染,导致非特异性带出现。
这种非特异性带出现可用以下方法解决:
(1)在加样枪的接头和吸杆之间加上脱脂消毒棉花,防止将靶序列吸入加样枪内或溅出离心管外。
(2)除了酶及不能耐高温的物质外,所有试剂或器材均应高压消毒。
(3)所用离心管及样进枪头等均应一次性使用。必要时,在加标本前,反应管和试剂用紫外线照射,以破坏存在的核酸。
(4)重新提取模板DNA。
2.空气中的小片段核酸污染,这些小片段比靶序列短,但有一定的同源性。有时候可能会互相拼接,与引物互补后,可扩增出PCR产物,而导致非特异性带出现的产生。虽然这样的可能性比较小。
对策:实验前对实验室充分通风,试验时尽量加上PCR试剂暴露于空气中的时间,还可用巢式PCR方法来减轻或消除空气中的小片段核酸造成的污染,最基本的解决办法:重新提取模板DNA。

相关的问题,我过去回答过,但是这次的回答做了补充和修改。
8楼2013-07-12 00:02:33
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hyc_charles

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也遇到了同样的问题,根本不是什么退火温度,mg1+浓度什么的问题,这些都换过了,电泳结果还是弥散的大片段,不知道你最后是怎么解决了
不但要做一个优秀的人,更要做一个无可取代的人…
9楼2013-07-15 20:39:00
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guomimi

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by hyc_charles at 2013-07-15 20:39:00
我也遇到了同样的问题,根本不是什么退火温度,mg1+浓度什么的问题,这些都换过了,电泳结果还是弥散的大片段,不知道你最后是怎么解决了

换了taq酶,改变了温度

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
10楼2013-07-16 21:22:21
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