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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 有关生物信息学
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wn坏到刚刚好

新虫 (初入文坛)

[求助] 有关生物信息学

如果reads能够map到contig上，把相应contig挑出来，什么软件能够实现？或者什么方法？
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1楼 2013-07-08 09:35:25
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armand0822

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
137167741: 金币+2, 小木虫交流，共同进步~~ 2013-07-08 16:24:44
一定要用软件的话，我习惯用BioEdit的local blast功能， 在弹出来的NCBI Local BLAST参数设置界面复选tabular output；map的结果会显示contig的名称。你做的是植物，本地数据库占据的磁盘空间大，用BioEdit运行可能会比较慢。可以的话，写个小脚本吧。
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2楼2013-07-08 15:40:58
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armand0822

新虫 (小有名气)
★
137167741: 金币+1, 小木虫交流，共同进步~~ 2013-07-08 16:25:08
PS:复选tabular output的目的是输出结果可以直接复制到excel，方便再做其它批量处理。
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3楼2013-07-08 15:54:05
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