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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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wn坏到刚刚好

新虫 (初入文坛)

[求助] 有关生物信息学

如果reads能够map到contig上,把相应contig挑出来,什么软件能够实现?或者什么方法?
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armand0822

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
137167741: 金币+2, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-07-08 16:24:44
一定要用软件的话,我习惯用BioEdit的local blast功能, 在弹出来的NCBI Local BLAST参数设置界面复选tabular output;map的结果会显示contig的名称。你做的是植物,本地数据库占据的磁盘空间大,用BioEdit运行可能会比较慢。可以的话,写个小脚本吧。
2楼2013-07-08 15:40:58
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armand0822

新虫 (小有名气)


137167741: 金币+1, 小木虫交流,共同进步~~ 2013-07-08 16:25:08
PS:复选tabular output的目的是输出结果可以直接复制到excel,方便再做其它批量处理。
3楼2013-07-08 15:54:05
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