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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 时间步长设置，截断半径设置
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huangshuang1

木虫 (著名写手)

[求助] 时间步长设置，截断半径设置

本人最近投了一篇稿子,是涉及MS分子模拟的，有两个地方不知道怎么回答，请各位大神帮忙帮忙。
1）MS模拟中的时间尺度和空间尺度应该给出具体的说明,特别是时间尺度应该给出数学表达式，根据实验参数估算出时间步长。直接说时间步长1.0fs，缺少说服力。
2）在模拟中，静电相互作用是长程相互作用，截断半径为9.5Å是否合理？
     我该如何回答，拜托各位。
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1楼 2013-07-02 18:24:12
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
huangshuang1: 金币+10, ★★★很有帮助, 你能详细说说截断半径的确定方法么 2013-07-02 20:54:48
时间步长设置可以参考《分子模拟的理论与实践》这本书 里面有讲通过振动频率来设置步长的

截断半径是根据周期性边界条件的盒子尺寸确定的
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壁立万仞，无欲则刚
2楼2013-07-02 18:31:31
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
huangshuang1: 金币+10, ★★★很有帮助, 我的力场选的PCFF 也不知道怎么确定截断半径 2013-07-03 09:12:36
截断半径的设置是为了减少计算量，一般在截断半径那，认为力为零，所以你可以根据你的势场确定一下截断半径
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壁立万仞，无欲则刚
3楼2013-07-03 08:33:26
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broken1999

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
huangshuang1: 金币+10, ★★★很有帮助, 我看很多文献上截断半径是9.5，所以就写了，现在也讲不清楚原因，比较郁闷 2013-07-03 09:10:53
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-07-04 20:04:45
我记得基本教程里有一句话“时间步长应为振动周期的十分之一”

截断半径我师兄说一般设在15左右，你可以自己做一下比较，对此一下不同截断半径下的时间消耗和精确度的差别

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2013-07-03 08:55:03
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-07-04 20:04:35


太长的时间步长会造成分子间的激烈碰撞，体系数据溢出；太短的时间步长会降低模拟过程搜索相空间的能力，因此一般选取的时间步长为体系各个自由度中最短运动周期的十分之一。
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
5楼2013-07-03 09:34:43
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magaohong

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

L-J势能函数里有一个σ，设置的截断半径很多是2.5σ
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6楼2013-11-05 21:38:35
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

一般而言我们设定的时间步长都是要考虑最快的振动周期的，比方说考虑水分子的O-H键，一般周期为9fs，为了计算精度的正确，需要将其分为10个时间间隔，也就是0.9个fs，但是为了提高计算效率，如果是固定了O-H键，就可以考虑步长超过0.9fs，甚至是超过1fs。
截断半径的设置一般要根据你体系的周期性大小来定，取值一般为1-1.4nm。
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gromacs
7楼2013-11-05 22:55:49
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