24小时热门版块排行榜    

查看: 4742  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

huangshuang1

木虫 (著名写手)

[求助] 时间步长设置,截断半径设置

本人最近投了一篇稿子,是涉及MS分子模拟的,有两个地方不知道怎么回答,请各位大神帮忙帮忙。
1)MS模拟中的时间尺度和空间尺度应该给出具体的说明,特别是时间尺度应该给出数学表达式,根据实验参数估算出时间步长。直接说时间步长1.0fs,缺少说服力。
2)在模拟中,静电相互作用是长程相互作用,截断半径为9.5Å是否合理?
     我该如何回答,拜托各位。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
huangshuang1: 金币+10, ★★★很有帮助, 我的力场选的PCFF 也不知道怎么确定截断半径 2013-07-03 09:12:36
截断半径的设置是为了减少计算量,一般在截断半径那,认为力为零,所以你可以根据你的势场确定一下截断半径
壁立万仞,无欲则刚
3楼2013-07-03 08:33:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
huangshuang1: 金币+10, ★★★很有帮助, 你能详细说说截断半径的确定方法么 2013-07-02 20:54:48
时间步长设置可以参考《分子模拟的理论与实践》这本书 里面有讲通过振动频率来设置步长的

截断半径是根据周期性边界条件的盒子尺寸确定的
壁立万仞,无欲则刚
2楼2013-07-02 18:31:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

broken1999

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
huangshuang1: 金币+10, ★★★很有帮助, 我看很多文献上截断半径是9.5,所以就写了,现在也讲不清楚原因,比较郁闷 2013-07-03 09:10:53
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-07-04 20:04:45
我记得基本教程里有一句话“时间步长应为振动周期的十分之一”

截断半径我师兄说一般设在15左右,你可以自己做一下比较,对此一下不同截断半径下的时间消耗和精确度的差别

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2013-07-03 08:55:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-07-04 20:04:35


太长的时间步长会造成分子间的激烈碰撞,体系数据溢出;太短的时间步长会降低模拟过程搜索相空间的能力,因此一般选取的时间步长为体系各个自由度中最短运动周期的十分之一。
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
5楼2013-07-03 09:34:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 今天放榜吗? +12 布布和一二 2026-08-19 12/600 2026-08-19 13:45 by gloomy6159
[基金申请] filecode,4个jtjc了 +8 ziyangfang 2026-08-19 9/450 2026-08-19 13:08 by blacksandy
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +8 kkkl_v 2026-08-19 8/400 2026-08-19 12:34 by Vivilian
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +10 基诺咪客 2026-08-17 14/700 2026-08-19 10:34 by 基诺咪客
[基金申请] 快农历七夕节了,轻松一下,男人悄悄话,女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖? +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +4 Tide man 2026-08-12 5/250 2026-08-19 07:41 by 201120518022
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +10 yuleib84 2026-08-18 11/550 2026-08-19 07:30 by 羽毛枫f
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低?主要原因有哪些? +3 瞬息宇宙 2026-08-15 3/150 2026-08-18 21:40 by xiaohuixin
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
信息提示
请填处理意见